Mặc dù, Mật giáo vẫn còn pha trộn trong tư tưởng, như yếu tố thiền học, lấy 'tâm ấn' làm nòng cốt đã góp phần tạo nên tính đặc thù của thiền phái Tỳ Ni Đa Lưu Chi so với các thiền phái khác ở Việt Nam.
Theo thiền sử, thì Tổ Tỳ Ni Đa lưu Chi là vị Tổ đầu tiên từ Trung Hoa mang Thiền tông đến Việt Nam. Như vậy, lẽ ra chúng ta phải thờ Ngài là vị sơ Tổ Thiền tông Việt Nam mới đúng. Tại sao lại phải thờ Tổ Bồ đề Đạt Ma?
Đức Phật có pháp phương tiện và chân thật và Ngài tu chứng được pháp chân thật, vì pháp này thông với ba đời mười phương chư Phật.
Để khẳng định Lục tổ Huệ Năng là người Việt Nam, tác giả Thích Mãn Giác cũng cho rằng: 'Điều sai lầm lớn nhất là mỗi khi ta nhắc tới ngài Huệ Năng thì lập tức chúng ta hình dung ngài có hình dáng một cụ Hòa thượng già nua, mường tượng như những hình ảnh ta nhìn thấy trong sách vở Tàu...