Bị phạt, truy thu, tính chậm nộp hơn 620 triệu, DN gửi đơn, thắng kiện về thuế

Bị truy thu thuế vì đất chưa có giấy chứng nhận

Ngày 31/7/2013, Công ty D. nhận chuyển nhượng lô đất rộng 3.015m2 tại khu đô thị M, phường C, TP Cần Thơ từ Công ty H. Theo thỏa thuận, doanh nghiệp đã thanh toán 75% giá trị hợp đồng, phần còn lại sẽ được trả khi bên chuyển nhượng giao giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Sau đó, Công ty H. bàn giao đất để Công ty D. quản lý, sử dụng.

Ngày 9/4/2015, Công ty D. được Sở Xây dựng TP Cần Thơ cấp giấy phép xây dựng công trình cấp II trên khu đất. Doanh nghiệp sử dụng tiền của mình để xây dựng tòa nhà và tuân thủ quy định về xây dựng, hóa đơn, chứng từ kê khai nộp thuế liên quan và đưa công trình vào khai thác kinh doanh.

Trong quá trình hoạt động, Công ty D. thực hiện kê khai, nộp thuế và trích khấu hao tài sản cố định theo quy định.

Ngày 10/2/2025 qua kiểm tra thuế giai đoạn 2020-2023, cơ quan thuế xác định khu đất nói trên chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất mang tên Công ty D. Từ đó, đoàn kiểm tra kết luận doanh nghiệp trích khấu hao tài sản cố định chưa đúng quy định, dẫn đến khai sai và thiếu số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong các năm 2021-2023.

Bị phạt, truy thu và tính chậm nộp hơn 620 triệu đồng, một doanh nghiệp ở Cần Thơ thắng cơ quan thuế nhờ tòa phúc thẩm. Ảnh minh họa: Nam Khánh

Ngày 4/3/2025, Cục trưởng Cục Thuế TP C. (nay là Thuế TP C.) ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với Công ty D.

Theo quyết định, doanh nghiệp bị phạt hơn 88,6 triệu đồng do khai sai dẫn đến thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp; đồng thời bị truy thu hơn 443,3 triệu đồng tiền thuế và hơn 88,6 triệu đồng tiền chậm nộp.

Tổng số tiền phạt, truy thu và chậm nộp là hơn 620,6 triệu đồng.

Không đồng ý , Công ty D. khiếu nại nhưng bị cơ quan thuế ban hành quyết định giải quyết khiếu nại, bác yêu cầu vào ngày 23/5/2025. Do đó, doanh nghiệp khởi kiện, đề nghị tòa án hủy quyết định xử phạt thuế và quyết định giải quyết khiếu nại.

Trong khi đó, Thuế TP C. và Trưởng Thuế TP C. đều cho rằng, quyết định xử phạt thuế và quyết định giải quyết khiếu nại được thực hiện đúng quy định. Do đó, đề nghị tòa bác toàn bộ yêu cầu khởi kiện của Công ty D.

Tại bản án sơ thẩm ngày 12/5/2026, TAND Khu vực 3 - Cần Thơ bác toàn bộ yêu cầu khởi kiện của Công ty D. Doanh nghiệp tiếp tục kháng cáo, đề nghị cấp phúc thẩm xem xét lại vụ việc.

Tòa phúc thẩm xác định cơ quan thuế áp dụng chưa đúng

Tại phiên tòa phúc thẩm, Công ty D. cho rằng, tòa nhà không được sử dụng làm văn phòng của doanh nghiệp như cơ quan thuế xác định, mà được cho thuê để tạo doanh thu kinh doanh. Khoản doanh thu này đã được công ty kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm.

Doanh nghiệp cho biết công trình có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ về đầu tư xây dựng, đồng thời đáp ứng điều kiện trích khấu hao theo quy định. Vì vậy, Công ty D. đề nghị hủy hai quyết định hành chính đã ban hành.

Trong khi đó, phía cơ quan thuế cho rằng khu đất xây dựng tòa nhà chưa có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất mang tên doanh nghiệp nên tài sản không đủ điều kiện trích khấu hao khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp. Cơ quan này đề nghị tòa không chấp nhận kháng cáo.

Sau khi xem xét hồ sơ và các ý kiến tại phiên tòa, HĐXX phúc thẩm nhận định, Công ty D. đã cung cấp các hóa đơn, chứng từ hợp lệ liên quan đến việc đầu tư xây dựng tòa nhà có tổng giá trị hơn 6,4 tỷ đồng.

Đáng chú ý, tòa nhà được sử dụng để cho thuê theo hợp đồng thuê văn phòng và nhà kho ký ngày 8/1/2018 giữa Công ty D. và Công ty TNHH N. Doanh thu từ hợp đồng này được doanh nghiệp kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm.

Theo HĐXX, quy định về điều kiện giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với việc trích khấu hao được áp dụng trong trường hợp doanh nghiệp có công trình trên đất phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh của chính doanh nghiệp như trụ sở văn phòng, nhà xưởng, cửa hàng.

Trong khi đó, công trình của Công ty D. được sử dụng để kinh doanh bằng hình thức cho thuê, không phải văn phòng, nhà xưởng hay cửa hàng phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp. Vì vậy, trường hợp này không bắt buộc phải có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất để đáp ứng điều kiện trích khấu hao, mà doanh nghiệp cần chứng minh quyền sở hữu tài sản cố định.

HĐXX cho rằng, Công ty D. đã chứng minh được quyền sở hữu công trình thông qua giấy phép xây dựng cùng các hóa đơn, chứng từ hợp pháp liên quan. Do đó, việc doanh nghiệp trích khấu hao công trình trong giai đoạn 2020-2023 là phù hợp quy định.

Tòa cũng xác định việc đoàn kiểm tra cho rằng tòa nhà được sử dụng làm trụ sở văn phòng là không đúng mục đích sử dụng thực tế, dẫn đến xác định hành vi vi phạm thuế chưa chính xác. Vì vậy, quyết định xử phạt ngày 4/3/2025 và quyết định giải quyết khiếu nại ngày 23/5/2025 đều chưa phù hợp quy định pháp luật.

Ngày 27/8/2026, TAND TP Cần Thơ xét xử phúc thẩm, chấp nhận kháng cáo của Công ty D., sửa bản án sơ thẩm theo hướng chấp nhận yêu cầu khởi kiện của doanh nghiệp.

Tòa tuyên hủy toàn bộ quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế ngày 4/3/2025 của Cục trưởng Cục Thuế TP C, nay là Trưởng Thuế TP C. và quyết định giải quyết khiếu nại ngày 23/5/2025 của Thuế TP C.

(Bài viết dựa trên Bản án số 32/2026/HC-PT ngày 27/8/2026 của TAND TP Cần Thơ).