Miễn thuế 3 năm cho doanh nghiệp thành lập mới, cú hích với hệ sinh thái khởi nghiệp

Việc Nghị định số 20/2026/NĐ-CP được ban hành và chính thức có hiệu lực từ ngày 15/01/2026 đã cụ thể hóa một cách toàn diện các cơ chế ưu đãi thuế theo tinh thần của Nghị quyết số 198/2025/QH15, qua đó hình thành một “khung ưu đãi” tương đối đầy đủ, có phân loại rõ ràng theo từng nhóm doanh nghiệp, từng loại thu nhập và từng giai đoạn phát triển.

Các quy định này không chỉ tập trung vào doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới mà còn mở rộng sang khu vực khởi nghiệp sáng tạo, hoạt động đầu tư vốn và cả các chủ thể hỗ trợ đổi mới sáng tạo, tạo nên hệ sinh thái chính sách đồng bộ cho phát triển kinh tế tư nhân.

Đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp được xem là trụ cột quan trọng nhất. Theo khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, các doanh nghiệp thuộc nhóm này được miễn toàn bộ thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời hạn 3 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Thời gian miễn thuế được tính liên tục ngay từ năm đầu tiên được cấp giấy chứng nhận, không phụ thuộc vào việc doanh nghiệp đã phát sinh thu nhập chịu thuế hay chưa.

Quy định này tạo ra một “khoảng đệm tài chính” đáng kể, giúp doanh nghiệp tập trung nguồn lực cho đầu tư máy móc, công nghệ, xây dựng thương hiệu và mở rộng thị trường trong giai đoạn khởi đầu.

Tuy nhiên, để bảo đảm chính sách ưu đãi này thực sự hướng tới các doanh nghiệp khởi sự kinh doanh đúng nghĩa, Nghị định loại trừ một số trường hợp cụ thể. Theo đó, các doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp sẽ không được hưởng miễn thuế 03 năm. Đồng thời, doanh nghiệp thành lập mới nhưng có sự tham gia điều hành hoặc góp vốn chi phối của cá nhân từng giữ vai trò người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất tại doanh nghiệp khác đang hoạt động, hoặc đã giải thể nhưng chưa đủ 12 tháng, cũng không thuộc diện ưu đãi.

Ngoài ra, các khoản thu nhập nằm trong danh mục không áp dụng ưu đãi theo khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, như thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản, khai thác tài nguyên, kinh doanh hàng hóa - dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, cũng bị loại trừ. Việc quy định rõ các “điểm chặn” này nhằm ngăn chặn hành vi lợi dụng chính sách, đồng thời bảo đảm tính công bằng giữa các chủ thể kinh doanh.

Theo Cục Thống kê, Bộ Tài chính, trong tháng 12/2025, cả nước có gần 17,2 nghìn doanh nghiệp thành lập mới với số vốn đăng ký 166,0 nghìn tỷ đồng và số lao động đăng ký 100,6 nghìn lao động, tăng 13,9% về số doanh nghiệp, tăng 3,4% về vốn đăng ký và tăng 20,8% về số lao động so với tháng 11. So với cùng kỳ năm trước, tăng 71,6% về số doanh nghiệp, tăng 72,2% về số vốn đăng ký và tăng 5,1% về số lao động.

Vốn đăng ký bình quân một doanh nghiệp thành lập mới trong tháng 12 đạt 9,7 tỷ đồng, giảm 9,2% so với tháng trước và tăng 0,3% so với cùng kỳ năm trước. Bên cạnh đó, cả nước còn có gần 10,0 nghìn doanh nghiệp quay trở lại hoạt động, tăng 3,0% so với tháng trước và tăng 12,7% so với cùng kỳ năm 2024.

Tính chung năm 2025, cả nước có 195,1 nghìn doanh nghiệp đăng ký thành lập mới với tổng số vốn đăng ký là 1.919,2 nghìn tỷ đồng và tổng số lao động đăng ký là 1.151,4 nghìn lao động, tăng 24,1% về số doanh nghiệp, tăng 24,1% về vốn đăng ký và tăng 15,0% về số lao động so với năm trước.

Vốn đăng ký bình quân một doanh nghiệp thành lập mới trong năm 2025 đạt 9,8 tỷ đồng, tương đương năm 2024. Tổng số vốn đăng ký bổ sung vào nền kinh tế trong năm 2025 là gần 6,4 triệu tỷ đồng, tăng 77,8% so với năm 2024. Bên cạnh đó, cả nước có 102,3 nghìn doanh nghiệp quay trở lại hoạt động (tăng 34,3% so với năm 2024), nâng tổng số doanh nghiệp thành lập mới và quay trở lại hoạt động trong năm 2025 lên 297,5 nghìn doanh nghiệp, tăng 27,4% so với năm 2024. Bình quân một tháng có 24,8 nghìn doanh nghiệp thành lập mới và quay trở lại hoạt động.

Theo khu vực kinh tế, năm 2025 có 1.871 doanh nghiệp thành lập mới thuộc khu vực nông, lâm nghiệp và thủy sản, tăng 15,4% so với năm trước; gần 44,0 nghìn doanh nghiệp thuộc khu vực công nghiệp và xây dựng, tăng 19,6%; 149,3 nghìn doanh nghiệp thuộc khu vực dịch vụ, tăng 25,6%.

KÍCH HOẠT HỆ SINH THÁI KHỞI NGHIỆP SÁNG TẠO

Song song với doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới, Nghị định 20/2026/NĐ-CP dành một cơ chế ưu đãi sâu hơn cho khu vực khởi nghiệp sáng tạo và các chủ thể hỗ trợ đổi mới sáng tạo. Theo khoản 1 Điều 7, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo và tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo có thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo, đổi mới sáng tạo được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 02 năm đầu và giảm 50% số thuế phải nộp trong 04 năm tiếp theo. Đây là mức ưu đãi kéo dài tới 06 năm, phản ánh đặc thù chu kỳ phát triển dài và rủi ro cao của các mô hình kinh doanh dựa trên đổi mới sáng tạo.

Việc xác định thời điểm bắt đầu miễn, giảm thuế cũng được quy định linh hoạt. Thời gian ưu đãi được tính liên tục từ năm đầu tiên phát sinh thu nhập chịu thuế từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo. Trường hợp doanh nghiệp có doanh thu nhưng chưa phát sinh thu nhập chịu thuế trong 03 năm đầu, thời gian miễn, giảm thuế sẽ được tính từ năm thứ tư. Cơ chế này phù hợp với thực tế nhiều startup có doanh thu sớm nhưng chưa có lãi do chi phí nghiên cứu, phát triển và mở rộng thị trường lớn.

Để bảo đảm tính minh bạch, Nghị định yêu cầu doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được ưu đãi thuế với thu nhập từ các hoạt động sản xuất, kinh doanh không được ưu đãi. Trường hợp không thể hạch toán riêng, phần thu nhập được ưu đãi sẽ được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động ưu đãi trên tổng doanh thu hoặc tổng chi phí của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế. Quy định này giúp cơ quan thuế có cơ sở kiểm soát, đồng thời buộc doanh nghiệp nâng cao năng lực quản trị tài chính, kế toán.

Một nhóm ưu đãi đáng chú ý khác là đối với thu nhập từ hoạt động đầu tư vốn vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo. Theo khoản 2 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp có thu nhập từ chuyển nhượng cổ phần, phần vốn góp, quyền góp vốn, quyền mua cổ phần hoặc quyền mua phần vốn góp vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với khoản thu nhập này.

Chính sách này áp dụng cho cả trường hợp chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ vốn, bao gồm cả việc bán doanh nghiệp, qua đó tạo điều kiện thuận lợi cho các thương vụ thoái vốn và tái đầu tư trong hệ sinh thái khởi nghiệp. Tuy nhiên, ưu đãi không áp dụng đối với việc chuyển nhượng cổ phiếu hoặc quyền mua cổ phiếu của công ty đại chúng, doanh nghiệp niêm yết hoặc đăng ký giao dịch theo pháp luật chứng khoán; trường hợp chuyển nhượng vốn gắn với bất động sản vẫn phải kê khai và nộp thuế theo quy định về chuyển nhượng bất động sản.

Nghị định cũng đặt ra nguyên tắc lựa chọn ưu đãi có lợi nhất trong trường hợp doanh nghiệp đồng thời đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi khác nhau. Cụ thể, nếu trong cùng một thời gian, doanh nghiệp nhỏ và vừa hoặc doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo vừa đủ điều kiện hưởng miễn, giảm thuế theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, vừa đủ điều kiện hưởng ưu đãi thuế theo quy định khác của pháp luật thuế, doanh nghiệp được quyền lựa chọn mức ưu đãi có lợi nhất và phải thực hiện ổn định trong suốt thời gian ưu đãi. Quy định này giúp doanh nghiệp chủ động trong hoạch định tài chính, đồng thời hạn chế tình trạng thay đổi chính sách ưu đãi giữa chừng.

Có thể thấy, các trường hợp ưu đãi thuế được thiết kế trong Nghị định 20/2026/NĐ-CP không chỉ dừng lại ở việc “giảm thu” cho ngân sách trong ngắn hạn, mà hướng tới mục tiêu dài hạn là nuôi dưỡng khu vực doanh nghiệp nhỏ và vừa, thúc đẩy khởi nghiệp sáng tạo và kích hoạt dòng vốn đầu tư vào các mô hình kinh doanh mới.

Với cách tiếp cận phân tầng, có điều kiện và gắn chặt với yêu cầu minh bạch, các chính sách ưu đãi này được kỳ vọng sẽ trở thành đòn bẩy quan trọng cho sự phát triển thực chất và bền vững của kinh tế tư nhân trong giai đoạn tới.

Bảo Linh