Vùng 5 Hải quân được giao nhiệm vụ quản lý vùng biển, đảo Tây Nam từ cửa sông Gành Hào, tỉnh Bạc Liêu đến Hà Tiên, tỉnh Kiên Giang. Vùng biển Tây Nam có hơn 150 hòn đảo lớn, nhỏ, giáp ranh với vùng biển các nước Campuchia, Thái Lan và Malaysia, có vị trí đặc biệt quan trọng cả về kinh tế, chính trị, quốc phòng, an ninh.