Cần gỡ nút thắt kiểm tra thuế khi chuyển địa điểm kinh doanh

Thế nhưng, thủ tục thay đổi này đôi khi lại khiến nhiều doanh nghiệp bị treo hồ sơ từ nhiều tháng đến cả năm, chưa thể triển khai hoạt động tại địa chỉ mới. Hệ quả là kế hoạch kinh doanh bị gián đoạn, chi phí phát sinh và uy tín với đối tác bị ảnh hưởng đáng kể.

Theo quy định hiện hành, sự thay đổi địa điểm kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý, doanh nghiệp phải thực hiện hai bước cơ bản sau: (1) Thực hiện thủ tục kiểm tra, chốt nghĩa vụ thuế và nộp hồ sơ xin chuyển tại cơ quan thuế nơi đi; (2). Nộp hồ sơ thay đổi địa chỉ trụ sở tại sở tài chính.

Về nguyên tắc, đây là quy trình liên thông nhằm quản lý chặt chẽ nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp, tránh tình trạng doanh nghiệp nợ thuế rồi bỏ địa điểm. Tuy nhiên, bước kiểm tra thuế tại nơi đi (bước 1) - vốn chỉ là một khâu kiểm tra kỹ thuật - lại đang trở thành “nút thắt” khiến toàn bộ quy trình bị tắc nghẽn do cách áp dụng bộc lộ nhiều điểm bất cập.

Điểm nghẽn từ quy định kiểm tra

Luật Quản lý thuế năm 2019 quy định thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp là 10 ngày làm việc và có thể gia hạn thêm 10 ngày, đối với trường hợp phức tạp kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra (1). Nhưng luật lại không ấn định thời hạn “tối đa” ban hành quyết định này, dẫn đến tình trạng nhiều hồ sơ bị kéo dài không thời hạn. Doanh nghiệp rơi vào thế bị động, không thể chủ động kế hoạch di dời và triển khai hoạt động tại địa chỉ mới.

Một điểm bất cập khác là luật thiếu cơ chế phân loại hồ sơ theo mức độ rủi ro. Doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ nghĩa vụ thuế tốt vẫn phải chờ kiểm tra như trường hợp phức tạp. Điều này không chỉ làm tăng khối lượng công việc cho cơ quan thuế mà còn làm phát sinh thêm chi phí tuân thủ không cần thiết cho doanh nghiệp. Đặc biệt là các doanh nghiệp nhỏ và vừa, vốn chịu áp lực nhất về dòng tiền.

Không dừng lại ở đó, quy trình phối hợp giữa cơ quan thuế và cơ quan đăng ký kinh doanh khi doanh nghiệp chuyển sang địa bàn quản lý mới cũng là một điểm nghẽn đáng chú ý.

Theo Nghị định 168/2025/NĐ-CP, trong trường hợp việc chuyển trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý, doanh nghiệp phải hoàn tất nghĩa vụ thuế tại nơi đi trước khi nộp hồ sơ đăng ký tại cơ quan đăng ký kinh doanh. Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan đăng ký kinh doanh sẽ gửi thông tin về việc chuyển địa chỉ trụ sở cho cơ quan thuế để xác nhận tình trạng hoàn thành nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Trong vòng một ngày làm việc, cơ quan thuế phải phản hồi kết quả và đây là căn cứ để cơ quan đăng ký xem xét và cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trong thời hạn ba ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ hợp lệ(2).

Tuy nhiên, quy trình “liên thông” này trên thực tế vẫn còn gặp một số vướng mắc kỹ thuật. Do hệ thống dữ liệu giữa các cơ quan chưa được đồng bộ hoàn toàn và chưa có mốc thời hạn ràng buộc rõ ràng cho từng khâu xử lý, nên trong một số trường hợp, tiến độ giải quyết hồ sơ còn chậm so với quy định. Điều này khiến doanh nghiệp phải kéo dài thời gian hoàn tất thủ tục chuyển địa điểm, làm giảm tính linh hoạt trong hoạt động. Trong khi dự thảo Luật Quản lý thuế (sửa đổi) đang hướng tới cắt giảm 44% số thủ tục thuế và chuyển từ “quản lý” sang “phục vụ”, nhằm hỗ trợ doanh nghiệp giảm chi phí tuân thủ.

Khi doanh nghiệp bị treo hồ sơ và gian nan chờ kiểm tra thuế

Trường hợp của một doanh nghiệp thiết kế và thi công nội thất tại TPHCM là một ví dụ điển hình. Doanh nghiệp đã nộp hồ sơ chuyển trụ sở từ huyện Bình Chánh về quận 3 từ tháng 8-2024. Mãi đến tháng 9-2025, quyết định kiểm tra thuế mới được ban hành sau nhiều lần doanh nghiệp chủ động liên hệ, gửi đơn kiến nghị và cả đơn thỉnh cầu. Trong suốt hành trình đó, hồ sơ bị “treo lơ lửng” giữa hai cơ quan thuế: nơi đi chưa kiểm tra xong, nơi đến chưa thể tiếp nhận, khiến doanh nghiệp không thể hoàn tất thủ tục di dời.

Thực tế cho thấy, sau quá trình sáp nhập và tinh gọn bộ máy từ ngày 1-7-2025, lực lượng cán bộ thuế phụ trách công tác kiểm tra đang phải xử lý khối lượng hồ sơ rất lớn, bao gồm cả các doanh nghiệp có rủi ro cao, quy mô lớn hoặc nhiều năm chưa kiểm tra. Cùng với đó là những hồ sơ đột xuất như doanh nghiệp giải thể, chuyển địa bàn quản lý thuế. Khối lượng công việc tăng nhanh trong khi cơ quan thuế không có kế hoạch phân bổ rõ ràng, sẽ khó tránh khỏi tình trạng cơ quan thuế bị quá tải hồ sơ, còn doanh nghiệp bức xúc và khiếu nại. Bởi họ không thể hoàn tất đăng ký tại địa chỉ mới, trong khi trên hệ thống quản lý vẫn hiển thị đang hoạt động tại địa chỉ cũ.

Điều này khiến cơ quan quản lý chức năng địa phương có thể hiểu nhầm là doanh nghiệp bỏ địa điểm kinh doanh, dẫn đến nguy cơ bị khóa mã số thuế. Còn tại địa chỉ mới, doanh nghiệp chưa có giấy phép cập nhật, dễ bị xem là hoạt động không phép và gặp vướng mắc khi kê khai chi phí thuê địa điểm, điện nước, hợp đồng hoặc khi đối tác tra cứu thông tin. Những hệ lụy này tuy diễn ra âm thầm nhưng có tác động lớn đến uy tín, dòng tiền và kế hoạch kinh doanh.

Một số kiến nghị nhằm hoàn thiện chính sách

Thứ nhất, bỏ quy định kiểm tra thuế bắt buộc khi doanh nghiệp chỉ chuyển địa điểm và không có dấu hiệu rủi ro, nhằm giảm gánh nặng thời gian, chi phí và khối lượng công việc cho cơ quan thuế.

Thứ hai, bổ sung quy định về thời hạn xử lý, ấn định rõ toàn bộ quy trình kiểm tra thuế không quá 15 ngày làm việc đối với trường hợp thông thường; trường hợp đặc biệt, cơ quan thuế nơi đi và nơi đến có thể phối hợp trao đổi dữ liệu để kiểm soát rủi ro.

Thứ ba, phân loại hồ sơ theo rủi ro và quy mô. Doanh nghiệp tuân thủ tốt nên được kiểm tra rút gọn, doanh nghiệp rủi ro mới kiểm tra sâu hơn.

Thứ tư, nâng cao tính minh bạch tiến độ xử lý. Cơ quan thuế công khai trạng thái từng khâu, nguyên nhân chậm trễ và thời gian dự kiến hoàn tất, để doanh nghiệp không rơi vào thế bị động.

Thứ năm, cho phép doanh nghiệp đã nộp đầy đủ hồ sơ hợp lệ được triển khai hoạt động tại địa chỉ mới trong thời gian chờ kết quả kiểm tra, đảm bảo không gián đoạn sản xuất kinh doanh.

Thứ sáu, đẩy mạnh liên thông dữ liệu giữa cơ quan thuế và cơ quan đăng ký kinh doanh, hạn chế hồ sơ giấy, rút ngắn thời gian xử lý và tăng hiệu quả quản lý.

Quy định kiểm tra thuế khi chuyển địa điểm được đặt ra với mục tiêu phòng ngừa gian lận và đảm bảo nguồn thu ngân sách. Những thủ tục này cần thiết nhưng rất cần được xem xét để bổ sung một số điểm, như thời hạn xử lý cụ thể, cơ chế phân loại rủi ro hợp lý và tăng cường liên thông dữ liệu điện tử sẽ giúp quá trình kiểm tra thuế trở nên minh bạch, hiệu quả hơn.

Khi đó, doanh nghiệp có thể an tâm dịch chuyển, giảm chi phí tuân thủ, còn cơ quan thuế cũng nâng cao được chất lượng quản lý theo hướng hiện đại và phục vụ tốt hơn. Đồng thời, góp phần tạo dựng môi trường kinh doanh minh bạch, công bằng và củng cố niềm tin cộng đồng doanh nghiệp vào hệ thống pháp luật thuế trong thời kỳ cải cách hành chính và chuyển đổi số quốc gia.

(*) Công ty Luật TNHH Nghiệp Thành (NT Law).

(1) Điều 110 Luật Quản lý thuế năm 2019 và điều 72 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

(2) Điều 40 Nghị định 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp.

LS. Nguyễn Minh Hoàng (*)