Giảm rủi ro thuế cho doanh nghiệp chế xuất

Hoàn thiện chính sách thuế góp phần tạo thuận lợi cho hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp. (Ảnh: CHQ)

Phân định nghĩa vụ thuế khi gián đoạn điều kiện giám sát

Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được Chính phủ ban hành ngày 1/9/2016, quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, trong đó có các cơ chế miễn, giảm, hoàn và không thu thuế. Sau gần 10 năm thực hiện và 2 lần được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP và Nghị định số 182/2025/NĐ-CP, Bộ Tài chính đang xây dựng dự thảo Nghị định thay thế nhằm tiếp tục hoàn thiện chính sách.

Đối với doanh nghiệp chế xuất, việc áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế và chi phí sản xuất. Nhiều hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế được sử dụng cho hoạt động sản xuất xuất khẩu; vì vậy, cách xử lý khi doanh nghiệp không duy trì điều kiện kiểm tra, giám sát có thể làm phát sinh nghĩa vụ thuế.

Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15, cùng các nghị định hướng dẫn đã hình thành cơ chế thuế đặc thù đối với khu phi thuế quan. Nghị định số 35/2022/NĐ-CP cũng xác định, về nguyên tắc, quan hệ trao đổi hàng hóa giữa doanh nghiệp chế xuất với khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam không phải khu phi thuế quan là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

Cơ chế này đòi hỏi hàng hóa nhập khẩu không chịu thuế phải được quản lý riêng, sử dụng đúng mục đích và chịu sự kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan. Khi hàng hóa được chuyển tiêu thụ nội địa hoặc thay đổi mục đích sử dụng, nghĩa vụ thuế được xác định theo quy định.

Nghị định số 18/2021/NĐ-CP đã bổ sung các điều kiện kiểm tra, giám sát đối với doanh nghiệp chế xuất, gồm hàng rào ngăn cách, cổng và cửa ra vào, hệ thống camera kết nối với cơ quan hải quan, thời gian lưu giữ dữ liệu tối thiểu 12 tháng và phần mềm quản lý hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế.

Tuy nhiên, doanh nghiệp có thể bị gián đoạn một số điều kiện do bão, mất điện, camera hỏng hoặc cần thời gian khắc phục. Doanh nghiệp cũng có thể chậm thông báo thay đổi liên quan đến điều kiện giám sát. Những trường hợp này vẫn là vi phạm cần xử lý nhưng chưa đủ để khẳng định hàng hóa đã bị sử dụng sai mục đích hoặc đưa vào thị trường trong nước.

Nếu toàn bộ hàng hóa nhập khẩu trong thời gian gián đoạn đều bị chuyển sang diện phải nộp thuế mà không xem xét thực tế sử dụng, doanh nghiệp có thể phát sinh nghĩa vụ tài chính lớn, ảnh hưởng đến dòng tiền, giá thành và kế hoạch sản xuất, xuất khẩu.

Từ thực tế đó, một số đơn vị hải quan đề nghị dự thảo bổ sung cơ chế xử lý theo từng trường hợp. Đối với hàng hóa nhập khẩu sau thời điểm cơ quan hải quan kết luận doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp không được áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan

Nếu doanh nghiệp khắc phục và đáp ứng trở lại các điều kiện, chính sách thuế được áp dụng từ ngày cơ quan hải quan có văn bản xác nhận. Việc xác định rõ mốc thời gian giúp doanh nghiệp chủ động tính toán nghĩa vụ thuế và chi phí sản xuất.

Với hàng hóa đã được áp dụng chính sách thuế trong thời gian doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện, các ý kiến góp ý đề nghị xem xét hồ sơ, tài liệu, chứng từ và dữ liệu chứng minh quá trình sử dụng hàng hóa, thay vì xử lý đồng loạt.

Nếu doanh nghiệp chứng minh hàng hóa nhập khẩu đã được đưa vào sản xuất và sản phẩm thực tế đã xuất khẩu, cơ quan hải quan kiểm tra, đánh giá, xác định nội dung giải trình có cơ sở thì không thực hiện ấn định thuế. Doanh nghiệp vẫn bị xử phạt đối với hành vi không duy trì đầy đủ điều kiện kiểm tra, giám sát.

Ngược lại, nếu doanh nghiệp không giải trình hoặc không có hồ sơ, chứng từ và dữ liệu chứng minh, hàng hóa không được áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện. Cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế và xử phạt theo quy định.

Cách xử lý này phân biệt nghĩa vụ thuế đối với hàng hóa với trách nhiệm hành chính của doanh nghiệp. Vi phạm điều kiện giám sát vẫn bị xử lý, nhưng việc ấn định thuế được xem xét trên cơ sở hàng hóa có được quản lý, sử dụng đúng mục đích và thực tế đã đi vào sản phẩm xuất khẩu hay không.

Dùng dữ liệu để bảo vệ doanh nghiệp tuân thủ

Đối với doanh nghiệp, giá trị kinh tế của dữ liệu nằm ở khả năng chứng minh hàng hóa được sử dụng đúng mục đích. Khi hồ sơ nhập khẩu, số liệu nhập-xuất-tồn, dữ liệu sản xuất và chứng từ xuất khẩu có thể kết nối, doanh nghiệp có căn cứ giải trình về chính sách thuế đã được áp dụng.

Vì vậy, camera và phần mềm quản lý không nên được nhìn nhận đơn thuần là khoản đầu tư thiết bị. Các hệ thống này phải hình thành chuỗi dữ liệu phản ánh được hàng hóa từ khi nhập khẩu, đưa vào kho, sử dụng trong sản xuất đến khi sản phẩm được xuất khẩu hoặc hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng.

Chi cục Kiểm tra sau thông quan đề nghị phần mềm phải theo dõi được hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế để phục vụ báo cáo quyết toán nhập-xuất-tồn. Đối với doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu, dữ liệu phải bao quát quá trình quản lý nguyên liệu, vật tư và sản phẩm.

Việc quản lý theo chuỗi dữ liệu giúp doanh nghiệp có căn cứ giải trình khi xảy ra sự cố hoặc gián đoạn điều kiện giám sát; cơ quan hải quan có thông tin để kiểm tra, đánh giá thay vì xử lý toàn bộ hàng hóa theo một cách chung.

Cơ chế này cũng tạo động lực để doanh nghiệp chuyển từ đáp ứng điều kiện về hình thức sang quản trị hàng hóa theo dữ liệu. Camera, phần mềm và báo cáo quyết toán chỉ thực sự có ý nghĩa khi thông tin thống nhất, có thể truy xuất và phản ánh đúng hoạt động sản xuất.

Ở chiều ngược lại, doanh nghiệp không duy trì dữ liệu đầy đủ sẽ phải đối mặt với rủi ro thuế cao hơn. Nếu không chứng minh được hàng hóa đã được đưa vào sản xuất và sản phẩm thực tế đã xuất khẩu, cơ quan hải quan không có cơ sở tiếp tục công nhận chính sách thuế đã áp dụng.

Như vậy, đề xuất không làm giảm trách nhiệm của doanh nghiệp chế xuất mà chuyển trọng tâm quản lý sang khả năng chứng minh. Doanh nghiệp có hồ sơ, chứng từ và dữ liệu chứng minh hàng hóa được quản lý, sử dụng đúng mục đích sẽ có cơ sở để cơ quan hải quan xem xét không ấn định thuế. Trường hợp không có dữ liệu hoặc không giải trình được vẫn bị xử lý về thuế và xử phạt theo quy định.

Về mặt kinh tế, cơ chế xử lý rõ ràng giúp doanh nghiệp dự liệu hậu quả của từng loại vi phạm, chủ động đánh giá rủi ro và bố trí nguồn lực tuân thủ. Đây là yếu tố quan trọng đối với doanh nghiệp hoạt động theo chuỗi cung ứng, nơi tiến độ nhập khẩu nguyên liệu, sản xuất và giao hàng thường được xây dựng chặt chẽ.

Để tránh cách hiểu và áp dụng không thống nhất, Chi cục Kiểm tra sau thông quan đề nghị giao Bộ trưởng Tài chính quy định chi tiết việc kiểm tra, xác nhận điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan; điều kiện, thủ tục và hồ sơ áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan.

Việc quy định rõ hồ sơ, dữ liệu cần cung cấp và căn cứ đánh giá nội dung giải trình sẽ giúp doanh nghiệp chuẩn bị hệ thống quản trị phù hợp, đồng thời tạo cơ sở để cơ quan hải quan thống nhất khi quyết định chấp nhận giải trình hoặc thực hiện ấn định.