Ngành thủy sản kiến nghị tháo gỡ nhiều vướng mắc về thuế

Thời gian qua, Cục Thuế đã tổ chức các hội nghị về việc tháo gỡ, bất cập trong việc hoàn thuế giá trị gia tăng cũng như ban hành Công văn 6810/CT-QLNT hướng dẫn xác định tỷ giá trên hóa đơn đối với nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh bằng ngoại tệ, Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 về xử lý hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Hiệp hội Chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP) đánh giá cao những nỗ lực của ngành thuế về việc tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp. Tuy nhiên, thực tế quá trình áp dụng, chính sách thuế vẫn còn tồn tại nhiều bất cập.

Thuế giá trị gia tăng “mỗi nơi một kiểu”

Về thuế giá trị gia tăng, theo VASEP, doanh nghiệp thủy sản thường có thuế giá trị gia tăng đầu vào lớn và có nhu cầu hoàn thuế thường xuyên. Trước khi Công văn 6936 ban hành, hồ sơ hoàn thuế có thể bị kéo dài do hệ thống cảnh báo rủi ro liên quan đến hóa đơn hoặc nhà cung cấp thứ cấp (nhà cung cấp F2, F3).

Công văn 6936 đã làm rõ, cảnh báo rủi ro là căn cứ phân loại, xác minh chứ không được coi như bằng chứng giao dịch không có thật. Do đó, chỉ khoanh đúng phần có rủi ro để kiểm tra thay vì tạm ngừng giải quyết toàn bộ hồ sơ.

Thủy sản đầu vào được áp thuế "mỗi nơi một kiểu" do cách áp dụng chính sách thuế có sự vênh nhau. Ảnh: Hoàng Anh. 

VASEP kiến nghị cần áp dụng nguyên tắc được Công văn 6936 làm rõ trên toàn quốc để xử lý các hồ sơ tồn đọng, áp dụng cho cả trường hợp nhà cung cấp thay đổi trạng thái sau giao dịch.

Một vướng mắc khác liên quan đến thuế giá trị gia tăng là cùng một sản phẩm đầu vào như cá, tôm, mực đông lạnh nhưng mỗi địa phương lại áp dụng chính sách thuế giá trị gia tăng khác nhau, phụ thuộc vào nguồn hàng, mức độ sơ chế và một số yếu tố khác.

Điều này dẫn đến thuế suất giá trị gia tăng của nguyên liệu đầu vào ngành thủy sản “mỗi nơi một kiểu”, có khi được miễn thuế, có khi bị áp 8% hoặc 10%. Sự vênh nhau khiến việc hoàn thuế trở nên rất khó khăn, trong khi nếu không được hoàn thuế, doanh nghiệp thủy sản sẽ bị bào mòn gần như toàn bộ biên lợi nhuận.

Do đó, VASEP mong muốn cơ quan thuế ban hành hướng dẫn thống nhất trên toàn quốc đối với thuế suất áp dụng cho các nguyên liệu đầu vào, bên cạnh việc xây dựng bảng tra cứu nhóm sản phẩm, quy trình sản xuất cho những loại nguyên liệu nêu trên.

Ngoài ra, VASEP cũng đề xuất miễn thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp trong trường hợp tái nhập để sửa chữa, tái chế, thay vì cơ chế “nộp trước – hoàn sau”, qua đó giảm tải áp lực dòng tiền.

Làm rõ các vấn đề xoay quanh thuế thu nhập doanh nghiệp

Một “điểm nghẽn có tính nền tảng” được VASEP chỉ ra là quy trình bao gồm làm sạch, bỏ đầu, lấy ruột, bóc vỏ, cắt, fillet, cấp đông, mạ băng và đóng gói được xem là “sơ chế thông thường” khi áp dụng thuế giá trị gia tăng nhưng lại là “chế biến” khi xem xét ngành nghề, hoạt động và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

Năm 2025, Thủ tướng Chính phủ ký ban hành Quyết định 36/2025/QĐ-TTg về hệ thống ngành kinh tế Việt Nam, trong đó xác định ngành chế biến, bảo quản thủy sản và các sản phẩm từ thủy sản thuộc nhóm 1020, bao gồm cả các hoạt động như bỏ đầu, lấy ruột, cắt miếng, đông lạnh.

Tuy nhiên, theo VASEP, quyết định trên là văn bản phân ngành kinh tế, không thể quy định đối tượng chịu thuế hoặc điều kiện ưu đãi thuế.

Vì vậy, cần thiết có văn bản nhằm xác định bản chất hoạt động theo hệ thống ngành kinh tế Việt Nam và xác định chế độ thuế cho từng hoạt động, ngành nghề để áp dụng thuế giá trị gia tăng và thu nhập doanh nghiệp.

Quy trình bao gồm làm sạch, bỏ đầu, lấy ruột, bóc vỏ, cắt, fillet, cấp đông, mạ băng và đóng gói được xem là “sơ chế thông thường” khi áp dụng thuế giá trị gia tăng nhưng lại là “chế biến” khi xem xét ngành nghề, hoạt động và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Ảnh: Hoàng Anh. 

Ngoài ra, doanh nghiệp nhận nguyên liệu về gia công được xác định là hoạt động chế biến thủy sản nhưng đến kỳ kiểm tra khác lại không được xác định là chế biến thủy sản do không sở hữu nguyên liệu.

Mặt khác, các sản phẩm là phụ phẩm thủy sản như bột cá, mỡ cá, da cá… cũng chưa thống nhất việc phân loại nhóm ngành, gây khó khăn trong việc xác định nhóm ngành nếu doanh nghiệp cho ra cả sản phẩm chính và phụ phẩm từ một nguồn nguyên liệu

VASEP cho rằng, những hoạt động nói trên đều cần có tiêu chí rõ ràng theo theo bản chất sản phẩm và quy trình thực tế, qua đó giúp doanh nghiệp dễ dàng xác định nhóm ngành hoạt động và mức thuế suất phù hợp.

Cần cơ chế thực thi thống nhất

Tổ chức đại diện cho ngành hàng thủy sản nhìn nhận, những bất cập trên có không ít điều xuất phát từ cách hiểu khác nhau giữa các địa phương, các cơ quan và các thời kỳ. Điều này dẫn đến nhiều “trái ngang” như doanh nghiệp đã được kiểm tra nhưng lại tiếp tục phải giải trình, hướng dẫn của cơ quan chức năng chưa rõ ràng đối với các giao dịch đã phát sinh.

Giải quyết gốc rễ vấn đề, VASEP kiến nghị thiết lập cơ chế cho phép kế thừa kết quả thanh kiểm tra, qua đó không kiểm tra lặp lại nội dung, thời kỳ và hồ sơ nếu không phát sinh chứng cứ, tình tiết mới.

Hiệp hội cũng đề xuất xây dựng bộ tình huống chuẩn áp dụng trên toàn quốc để giải quyết các vấn đề thường gặp như hoàn thuế giá trị gia tăng, xác định nhóm ngành áp dụng thuế suất…

Qua đó, doanh nghiệp có cơ sở để thực hiện một cách thống nhất, giảm thiểu rủi ro phát sinh do những cách hiểu, cách thực thi chính sách khác nhau. VASEP nhấn mạnh, đây là giải pháp giúp doanh nghiệp nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh, góp phần thực hiện mục tiêu tăng trưởng kinh tế, tăng trưởng xuất khẩu của đất nước.