Phát hiện 2.320 người nộp thuế tại TPHCM trên 5 năm chưa được kiểm tra

Kiểm toán Nhà nước khu vực IV (thuộc Kiểm toán Nhà nước - KTNN) vừa công khai kết quả kiểm toán chuyên đề công tác thanh tra, kiểm tra thuế; miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế và hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) giai đoạn 2023-2025 tại Thuế TPHCM.

Cuộc kiểm toán được thực hiện trong bối cảnh công tác quản lý thuế trên địa bàn có quy mô lớn, số lượng người nộp thuế đông, hoạt động sản xuất, kinh doanh đa dạng. Đáng chú ý, từ ngày 1/7/2025, cơ quan thuế TPHCM được hợp nhất với cơ quan thuế Bình Dương và Bà Rịa - Vũng Tàu, kéo theo thay đổi lớn về tổ chức và khối lượng công việc.

Theo báo cáo của cơ quan thuế, riêng năm 2025, tổng số kiến nghị xử lý qua thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế lên tới 37.983 tỷ đồng. Trong đó, số tiền truy thu, thu hồi tiền hoàn thuế, tiền phạt và tiền chậm nộp là 10.628 tỷ đồng; giảm lỗ 26.452 tỷ đồng và giảm khấu trừ 903 tỷ đồng.

Trong giai đoạn 2023-2025, cơ quan thuế ghi nhận 11.298 hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế và tiền thuê đất, với tổng số tiền 4.195,5 tỷ đồng. Trong số này, cơ quan thuế đã xử lý 9.078 hồ sơ, với tổng số tiền gần 4.044 tỷ đồng.

Đối với hoàn thuế GTGT, có 16.601 hồ sơ được giải quyết, với tổng số thuế được hoàn xấp xỉ 126.306 tỷ đồng. Số liệu này được tổng hợp từ hệ thống quản lý thuế tại Văn phòng cơ quan Thuế, không bao gồm các Thuế cơ sở.

 Thuế TPHCM tổ chức hội nghị tháo gỡ vướng mắc, đẩy nhanh hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp. Ảnh: Thuế TPHCM

Hàng nghìn cuộc thanh tra, kiểm tra tồn đọng

Dù đạt được kết quả xử lý thuế đáng kể, KTNN cũng chỉ ra nhiều hạn chế trong việc xây dựng và triển khai kế hoạch thanh tra, kiểm tra.

Cụ thể, việc ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch và chuyên đề thanh tra, kiểm tra thuế hằng năm còn chậm so với thời hạn quy định. Một số nhiệm vụ được giao khi thời gian còn lại không đủ để tổ chức thực hiện.

Đáng chú ý, KTNN ghi nhận có 2.320 người nộp thuế trên 5 năm chưa được thanh tra, kiểm tra. Việc lựa chọn đối tượng cũng chưa thực sự bám sát mức độ rủi ro khi tỷ lệ người nộp thuế thuộc nhóm rủi ro trung bình và thấp được đưa vào kế hoạch vượt 10% tổng số đối tượng được lựa chọn, trong khi vẫn còn người nộp thuế thuộc nhóm rủi ro cao chưa được kiểm tra.

Tiến độ thực hiện kế hoạch còn chậm, nhiều cuộc thanh tra, kiểm tra tồn đọng kéo dài. Đến hết tháng 9/2025, sau khi hợp nhất số liệu của ba địa phương, Thuế TPHCM còn 1.357 cuộc thuộc kế hoạch giai đoạn 2019-2023 chưa hoàn thành.

Với các chuyên đề thanh tra, kiểm tra, KTNN cũng phát hiện kết quả triển khai còn thấp. Năm 2024, ngoài những chuyên đề do cấp trên giao, Cục Thuế TPHCM xây dựng 6 chuyên đề đối với 1.074 người nộp thuế. 

Tuy nhiên, đến thời điểm báo cáo, 5/6 chuyên đề mới triển khai kiểm tra 299/998 người nộp thuế, đạt khoảng 30% kế hoạch. Năm 2025, với 15 chuyên đề kiểm tra 97 doanh nghiệp do Cục Thuế giao, Thuế TPHCM mới triển khai kiểm tra 39 doanh nghiệp, trong đó hoàn thành 28 doanh nghiệp. Vẫn còn 3/15 chuyên đề chưa được triển khai.

Không chỉ chậm tiến độ, một số cuộc thanh tra, kiểm tra còn kéo dài quá thời hạn. Qua kiểm tra hồ sơ chọn mẫu, KTNN phát hiện sai sót trong quy trình thanh tra, kiểm tra và xác định nghĩa vụ thuế. KTNN cũng phát hiện việc xử lý các hóa đơn có dấu hiệu rủi ro trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế chưa thống nhất.

Đặc biệt, qua hồ sơ kê khai của một số doanh nghiệp có biến động bất thường về doanh thu và tình trạng hoạt động, KTNN nhận thấy có trường hợp có dấu hiệu trốn thuế, mua bán hóa đơn, chứng từ. Cơ quan kiểm toán đã có văn bản chuyển thông tin các vụ việc sang cơ quan điều tra để xử lý theo quy định pháp luật.

Kiến nghị tăng thu ngân sách hơn 11,7 tỷ đồng

Từ kết quả kiểm toán, KTNN kiến nghị Thuế TPHCM xử lý tài chính tổng cộng hơn 11,744 tỷ đồng. Trong đó, kiến nghị tăng thu ngân sách Nhà nước hơn 11,638 tỷ đồng và thu hồi nộp ngân sách gần 105,92 triệu đồng.

Bên cạnh kiến nghị xử lý tài chính, KTNN yêu cầu cơ quan thuế chấn chỉnh, rút kinh nghiệm trong công tác hướng dẫn, chỉ đạo, xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế; đồng thời rà soát, quản lý chặt chẽ hồ sơ hoàn thuế GTGT.

Cơ quan thuế cũng được kiến nghị rà soát, xác định và xử lý theo quy định đối với các trường hợp kê khai giảm thuế GTGT, miễn, giảm, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và gia hạn nộp thuế chưa đúng quy định. Những trường hợp có dấu hiệu rủi ro về thuế, hóa đơn cần được kiểm tra, xử lý theo quy định pháp luật.

Ngoài ra, KTNN kiến nghị Thuế TPHCM rà soát, xác định rõ nguyên nhân các cuộc thanh tra, kiểm tra kéo dài trên 1 năm; đối với trường hợp chậm do nguyên nhân chủ quan, tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan.

Các kiến nghị này đặt ra yêu cầu nâng cao chất lượng quản lý rủi ro, đẩy nhanh xử lý hồ sơ tồn đọng và bảo đảm việc hoàn, miễn, giảm thuế đúng đối tượng, đúng điều kiện. Đây cũng là những vấn đề đáng chú ý trong bối cảnh quy mô quản lý thuế tại TPHCM tăng lên sau khi hợp nhất cơ quan thuế ba địa phương.