Quá trình số hóa dữ liệu hộ tịch mang lại nhiều tiện ích, nhưng thực tế cũng phát sinh không ít vướng mắc. Nhiều trường hợp giấy tờ hộ tịch bị sai lệch giữa Cơ sở dữ liệu hộ tịch điện tử với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư; thông tin điện tử bị sai lệch so với giấy tờ gốc. Các sai sót này ảnh hưởng đến các hoạt động, giao dịch của người dân.