9 trường hợp doanh nghiệp bị kiểm tra thuế tại trụ sở
Từ ngày 1/7, Luật Quản lý thuế mới sẽ chính thức có hiệu lực, trong đó quy định 9 trường hợp cơ quan thuế được kiểm tra trực tiếp tại trụ sở doanh nghiệp.

Hoạt động thuế của doanh nghiệp sẽ được tiếp tục siết chặt trong thời gian tới. Ảnh: Hoàng Anh
Luật Quản lý thuế năm 2025 (Luật số 108/2025/QH15) được đánh giá là bước tiến mới trong việc tăng cường kỷ cương tài chính và minh bạch hóa nghĩa vụ đóng góp ngân sách. Một trong những điểm thay đổi trọng tâm là quy định chi tiết về thẩm quyền kiểm tra của cơ quan quản lý tại trụ sở người nộp thuế, căn cứ theo Khoản 3 Điều 22.
Việc quy định cụ thể các trường hợp kiểm tra giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong công tác quản trị tuân thủ.
Theo quy định mới, thay vì kiểm tra dàn trải, cơ quan thuế sẽ tập trung nguồn lực vào 9 tình huống cụ thể. Doanh nghiệp có thể phân loại các trường hợp này thành bốn nhóm nghiệp vụ chính để dễ dàng xây dựng kịch bản ứng phó.
Thứ nhất là nhóm nghiệp vụ hoàn, miễn, giảm thuế. Nhóm này bao gồm các hồ sơ nằm trong diện kiểm tra trước và sau khi hoàn thuế, với mốc thời hạn kiểm tra sau hoàn kéo dài tới 5 năm tính từ ngày ra quyết định.
Ngoài ra, những hồ sơ xin miễn, giảm hoặc không thu thuế từ các doanh nghiệp bị đánh giá có mức độ rủi ro cao cũng sẽ bị giám sát, rà soát nghiêm ngặt tại trụ sở.
Thứ hai là nhóm biến động cấu trúc và pháp lý. Các đợt kiểm tra trực tiếp sẽ được tự động kích hoạt đối với nhóm doanh nghiệp rủi ro cao đang trong quá trình biến động mạnh về cấu trúc như: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, cổ phần hóa và chuyển đổi mô hình kinh doanh.
Các trường hợp chuyển địa điểm, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, ngừng hoạt động, giải thể hay phá sản cũng áp dụng quy định tương tự
Thứ ba là nhóm thanh tra định kỳ và dấu hiệu rủi ro. Cơ quan thuế có quyền tổ chức kiểm tra khi phát hiện các dấu hiệu vi phạm pháp luật, khi doanh nghiệp nằm trong kế hoạch, chuyên đề kiểm tra định kỳ hàng năm, hoặc khi có yêu cầu, đề nghị từ các cấp có thẩm quyền.
Thứ tư là nhóm giải trình và xử lý khiếu nại. Khi hồ sơ khai thuế cần được làm rõ số liệu, theo Điểm b Khoản 2 Điều 22, hoặc khi phát sinh công tác thu thập thông tin để giải quyết các khiếu nại, tố cáo về thuế, đoàn kiểm tra sẽ làm việc trực tiếp tại cơ sở kinh doanh.
Những thay đổi này cũng đặt ra yêu cầu cao hơn đối với hệ thống kế toán và quản trị rủi ro của doanh nghiệp. Song hành cùng nghĩa vụ, pháp luật cũng trang bị cho doanh nghiệp những công cụ mạnh mẽ để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình.
Trong quá trình làm việc với đoàn thực thi, người nộp thuế hoàn toàn có quyền đưa ra các bằng chứng, giải trình về số liệu chuyên môn và được phép bảo lưu quan điểm cá nhân.
Đặc biệt, nếu nhận thấy quyết định hoặc hành vi của cán bộ kiểm tra là lạm quyền, chưa thỏa đáng, doanh nghiệp có quyền khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại và làm đơn tố cáo theo đúng khuôn khổ pháp luật quy định.
Để thích ứng với luật mới từ tháng 7/2026, ban lãnh đạo và đặc biệt là các giám đốc tài chính (CFO) cần thiết lập ngay một quy trình tự rà soát nội bộ định kỳ, số hóa hệ thống lưu trữ chứng từ và xây dựng thang điểm đánh giá rủi ro riêng cho doanh nghiệp.
Khi phát sinh các nghiệp vụ phức tạp, việc chủ động tham vấn và liên hệ trực tiếp với cơ quan thuế địa bàn để tháo gỡ vướng mắc sẽ là chiến lược phòng thủ từ xa hiệu quả nhất, giúp doanh nghiệp tránh rơi vào danh sách "rủi ro cao" và an tâm vận hành.











