Nhiều bệnh viện bị 'bêu tên' nợ thuế và động thái của UBND TP Cần Thơ

Vừa qua, UBND TP Cần Thơ đã có văn bản gửi Bộ Tài chính và Bộ Y tế liên quan đến nợ thuế của các bệnh viện trên địa bàn.

Khoa Khám bệnh tại BV Đa khoa TP Cần Thơ. Ảnh: NHẪN NAM

6/15 bệnh viện còn nợ hơn 53 tỉ đồng

Theo đó, trên cơ sở kiến nghị của các cơ sở y tế công lập trên địa bàn, đề xuất của Sở Y tế, Thanh tra TP, UBND TP Cần Thơ báo cáo đến Bộ Tài chính và Bộ Y tế xem xét trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ cho chủ trương xử lý nợ thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), tiền phạt và tiền chậm nộp của các cơ sở y tế công lập (gọi chung là bệnh viện – BV) trên địa bàn, nhằm tháo gỡ khó khăn, đảm bảo công tác khám chữa bệnh (KCB) cho nhân dân.

Cụ thể, về tình hình nợ thuế TNDN tại các cơ sở y tế công lập trên địa bàn, UBND TP cho biết trên cơ sở kiến nghị của Chánh Thanh tra TP Cần Thơ (cũ) tại Kết luận thanh tra số 1072/2019 về thực hiện pháp luật về phòng, chống tham nhũng tại Sở Y tế và các đơn vị trực thuộc (giai đoạn 2016 - 2018), Cục Thuế TP Cần Thơ đã ban hành quyết định truy thu nợ thuế TNDN và các khoản phạt, tiền chậm nộp đối với 15 BV trên địa bàn.

Tổng số nợ thuế TNDN truy thu của 15 BV theo kết luận thanh tra là gần 46,8 tỉ đồng. Cơ quan thuế đã ban hành các quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với 15 BV này với tổng số tiền hơn 66,5 tỉ gồm nợ thuế gần 47 tỉ và tiền phạt hơn 19,5 tỉ đồng.

Sau khi có ý kiến của Bộ Tài chính, UBND TP đã chỉ đạo Sở Y tế đôn đốc các BV khẩn trương thu xếp nguồn tiền để nộp theo kết luận thanh tra và các quyết định của cơ quan thuế.

Theo báo cáo của Sở Y tế, đến nay đã có 12/15 đơn vị nộp vào ngân sách với tổng số tiền hơn 34,8 tỉ đồng. Trong đó 9 đơn vị hoàn thành 100% nghĩa vụ, một đơn vị đã nộp xong nợ gốc và tiền phạt (còn tiền chậm nộp), hai đơn vị đã nộp xong nợ gốc (còn tiền phạt và tiền chậm nộp).

Tổng số tiền 6 đơn vị còn phải nộp theo thông báo của cơ quan thuế tính đến ngày 31-8-2025 là hơn 53,2 tỉ, trong đó, riêng BV Đa khoa TP phải nộp tổng số tiền gần 20 tỉ đồng.

Ngoài 15 BV thuộc thẩm quyền quản lý của địa phương như trên, trên địa bàn còn có BV Đa khoa Trung ương Cần Thơ trực thuộc Bộ Y tế cũng bị truy thu thuế TNDN đối với hoạt động KCB với số tiền khoảng 97 tỉ đồng.

Thuế TP Cần Thơ đã và đang thực hiện các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế thông qua phong tỏa tài khoản ngân hàng của các BV chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế theo thông báo.

Ảnh hưởng trực tiếp hoạt động bình thường của các BV

Theo UBND TP, việc áp dụng các biện pháp cưỡng chế phong tỏa tài khoản ngân hàng có thể dẫn đến mất khả năng sử dụng nguồn vốn lưu động để thanh toán các khoản chi thiết yếu như mua sắm thuốc, vật tư y tế và chi phí vận hành, ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động bình thường của các BV và chất lượng chăm sóc sức khỏe cho nhân dân, đặc biệt là đối với các BV tuyến trung ương và tuyến TP.

Người dân làm thủ tục chờ khám bệnh. Ảnh: NHẪN NAM

UBND TP cho biết, qua rà soát, tình hình kê khai nộp thuế TNDN của các BV trên địa bàn (bao gồm Cần Thơ, Hậu Giang, Sóc Trăng trước đây) từ ngày 1-1-2017 (thời điểm chuyển từ viện phí sang cơ chế giá) đến nay cho thấy, các BV chưa thực hiện kê khai nộp thuế TNDN đối với khoản thu từ hoạt động KCB theo khung giá do Nhà nước quy định.

Thuế TNDN là loại thuế trực thu đánh vào phần thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp sau khi đã trừ các khoản chi phí hợp lý, hợp lệ theo quy định của pháp luật nên về bản chất là đánh vào lợi nhuận trước thuế.

Trong khi đó, giá dịch vụ KCB theo khung giá do Nhà nước quy định hiện chưa đảm bảo nguyên tắc “tính đúng, tính đủ” toàn bộ chi phí thực hiện dịch vụ (mới chỉ tính 2/4 yếu tố chi phí cấu thành giá, gồm chi phí trực tiếp và tiền lương, chưa tính 2 yếu tố quan trọng còn lại là chi phí quản lý và khấu hao tài sản cố định).

Vì vậy trong thực tế, hoạt động KCB theo khung giá do Nhà nước quy định của các BV không phát sinh lợi nhuận, thậm chí lỗ do phần hao hụt vật tư, thuốc men và điện nước... không được tính vào chi phí.

Tuy nhiên, do các BV chỉ hạch toán được doanh thu mà không xác định được chi phí, thu nhập đối với hoạt động KCB theo khung giá Nhà nước nên theo quy định tại Điều 11 Nghị định số 128/2013 (quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN), thuế TNDN sẽ được tính theo tỉ lệ 2% trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ mà không được trừ chi phí hợp lý, hợp lệ. Qua đó, cho thấy tình trạng phát sinh nợ thuế TNDN của các BV là do yếu tố quản lý tài chính và yếu tố cơ chế.

Kiến nghị ngừng áp dụng các biện pháp cưỡng chế thuế và xóa nợ

UBND TP Cần Thơ nêu các căn cứ tại khoản 14, Điều 4, Luật Thuế TNDN (có hiệu lực từ ngày 1-10-2025) quy định miễn thuế đối với thu nhập của đơn vị sự nghiệp công lập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công, bao gồm cả dịch vụ mà Nhà nước phải hỗ trợ, đảm bảo kinh phí hoạt động do chưa tính đủ chi phí cung cấp dịch vụ trong giá dịch vụ; Căn cứ Nghị quyết số 72/2025 của Bộ Chính trị, tại khoản 6 Mục III định hướng “không áp dụng thuế thu nhập doanh nghiệp đối với cơ sở y tế công lập...".

Người dân chờ mua thuốc ở bệnh viện. Ảnh: NHẪN NAM

Từ đó, địa phương kiến nghị Bộ Tài chính và Bộ Y tế trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xem xét, chỉ đạo Cục Thuế và Thuế TP Cần Thơ ngừng áp dụng các biện pháp cưỡng chế thuế đối với các BV trên địa bàn.

Đồng thời, đề xuất Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ có nghị quyết, quyết định riêng hoặc xin ý kiến của cấp có thẩm quyền cho phép áp dụng cơ chế xử lý nợ đặc thù, cho phép xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt liên quan đến thuế TNDN (2% trên doanh thu) từ hoạt động KCB theo khung giá do nhà nước quy định của các BV trên địa bàn giai đoạn trước ngày Luật Thuế TNDN năm 2025 có hiệu lực.

NHẪN NAM