Đến nay, vụ án đã khởi tố 9 bị can về 3 tội danh: "Buôn lậu", "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", "Nhận hối lộ".
41 bị can trong vụ gian lận thi tốt nghiệp Trung học phổ thông ở Tuyên Quang đều bị khởi tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, quy định tại Điều 356 Bộ luật Hình sự.