Các Chi cục Hải quan khu vực được tổ chức để phù hợp với việc sáp nhập tỉnh, thành phố.
Hải quan khu vực XVI chính thức hoạt động kể từ 1/7/2025, theo Quyết định 2019/QĐ-BTC, đảm bảo thông quan hàng hóa cho doanh nghiệp đáp ứng hoạt động chính quyền địa phương 2 cấp trên địa bàn quản lý Cao Bằng, Tuyên Quang.