Về đào tạo trình độ thạc sỹ, tiến sỹ, giai đoạn 2015–2017, công tác đào tạo của Học viện KHXH còn nhiều hạn chế, khuyết điểm về tuyển sinh, quy trình, chương trình và quản lý đào tạo.
Đây là một trong những sai phạm của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam giai đoạn 2015-2019 mà Thanh tra Chính phủ vừa công bố.
Giai đoạn 2015-2019, Viện Hàn lâm thực hiện chưa tốt công tác quản lý tài chính, tài sản, các dự án và tổ chức nghiên cứu khoa học, xảy ra nhiều khuyết điểm.