Bên cạnh những tiềm năng và lợi thế sẵn có, y học cổ truyền vẫn đang đứng trước không ít thách thức từ nguồn nhân lực, công tác kế thừa, nghiên cứu khoa học đến yêu cầu chuyển đổi số và hội nhập quốc tế.