Mặc dù Bộ Nông nghiệp và Môi trường (NN&MT) đã cắt giảm mạnh thủ tục hành chính, giúp tiết kiệm thời gian và chi phí cho doanh nghiệp, nhưng theo phản ánh của nhiều hiệp hội, vẫn còn nhiều vướng mắc vẫn phát sinh ở khâu thực thi tại địa phương, thiếu thống nhất về tiêu chí và quy trình.