An Giang hiện quản lý 96 tuyến đường thủy nội địa với tổng chiều dài 1.634km bao gồm hệ thống sông, kênh như: Sông Hậu, sông Châu Đốc, kênh Vĩnh Tế, kênh Trà Sư, các tuyến kênh thuộc vùng U Minh Thượng, Tây Sông Hậu, Tứ giác Long Xuyên...