Luật Thuế giá trị gia tăng và Luật Thuế thu nhập cá nhân đã quy định các điều kiện ưu đãi đối với nông sản sơ chế. Nếu không chứng minh được năng lực sản xuất thực tế và quy trình sơ chế thông thường đúng quy định, doanh nghiệp thu mua đối diện nguy cơ bị loại trừ chi phí khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp, người bán đối diện với việc bị truy thu thuế thu nhập cá nhân. Theo đó, doanh nghiệp cần hiểu đúng chính sách để tránh rủi ro về thuế.