Khởi phát bằng sốt, đau đầu như cảm cúm thông thường, viêm não Nhật Bản có thể nhanh chóng gây hôn mê, suy hô hấp và để lại di chứng thần kinh nặng nề.
Động kinh không đồng nghĩa với việc trẻ phải sống chung với các cơn co giật suốt đời. Nhiều trẻ có thể kiểm soát tốt bệnh nếu được chẩn đoán đúng, điều trị phù hợp và theo dõi lâu dài.