Làm việc trong lĩnh vực giáo dục và hợp tác quốc tế từ năm 2020, Nguyễn Khánh Toàn tham gia kết nối các trường đại học, đối tác quốc tế và triển khai hoạt động dành cho sinh viên, nghiên cứu sinh. Năm 2026, anh là học viên trẻ nhất và đại diện duy nhất của Việt Nam tại UNILEAD, chương trình đào tạo dành cho các cán bộ quản lý giáo dục đại học.