Chính sách miễn, giảm phí qua trạm thu phí BOT được triển khai nhằm chia sẻ khó khăn với người dân, doanh nghiệp sinh sống, hoạt động trong khu vực ảnh hưởng của trạm thu phí. Tuy nhiên, quá trình triển khai cũng phát sinh những bất cập trong việc xác nhận, quản lý đối tượng thụ hưởng, đặc biệt đối với doanh nghiệp vận tải hoặc đơn vị sở hữu số lượng lớn phương tiện.