Mặc dù mang lại lợi ích kinh tế, song hoạt động nuôi trồng thủy sản ven biển đối mặt với ô nhiễm môi trường biển. Mật độ lồng nuôi vượt quá khả năng tiếp nhận của môi trường, làm gia tăng nguy cơ ô nhiễm nguồn nước và phát sinh dịch bệnh.