6 nội dung doanh nghiệp cần lưu ý trong quá trình hoàn thuế GTGT

Theo Cục Thuế, hoàn thuế GTGT có ý nghĩa trực tiếp đối với dòng tiền, hoạt động đầu tư, sản xuất, xuất khẩu và khả năng duy trì chuỗi cung ứng của doanh nghiệp. Việc giải quyết hoàn thuế cần bảo đảm đúng đối tượng, đúng số tiền, kịp thời theo quy định, đồng thời kiểm soát chặt chẽ các hành vi gian lận, sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc giao dịch không có thật.

Cục Thuế cho biết có 6 nội dung doanh nghiệp cần lưu ý về phân loại rủi ro theo phần số tiền đề nghị hoàn thuế GTGT và giao địch với người bán có đấu hiệu rủi ro.

Cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận không được hoàn thuế

Thông tin, cảnh báo rủi ro về người bán, hóa đơn hoặc một chủ thể trong chuỗi cung ứng là thông tin phục vụ quản lý rủi ro, rà soát và xác minh. Cảnh báo rủi ro không tự động đồng nghĩa với việc giao dịch của doanh nghiệp mua hàng không có thật, hóa đơn không hợp pháp hoặc doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế.

Việc xác định hồ sơ hoàn thuế, phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro được thực hiện trên Hệ thống thông tin quản lý thuế theo tiêu chí quản lý rủi ro và quy định tại Điều 30 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, Điều 48 và Điều 49 Thông tư số 89/2026/TT-BTC.

(Ảnh minh họa)

Trường hợp chỉ một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi ro

Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước, nếu Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế thì cơ quan thuế thực hiện thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định.

Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự của hồ sơ hoàn thuế trước nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định. Việc một phần số tiền có rủi ro không làm toàn bộ số tiền đề nghị hoàn bị dừng xử lý.

Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định, cơ quan thuế thực hiện trình tự kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ và xác định số tiền đủ điều kiện được hoàn, không được hoàn hoặc chưa đủ điều kiện được hoàn theo kết quả kiểm tra, rà soát.

Trường hợp người bán hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng có dấu hiệu rủi ro

Việc người bán, nhà cung cấp cấp hai hoặc chủ thể khác trong chuỗi cung ứng bị cảnh báo rủi ro về hóa đơn, ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động là thông tin để cơ quan thuế đánh giá rủi ro và xác minh khi cần thiết; không phải là căn cứ để cơ quan thuế kết luận doanh nghiệp không được hoàn thuế hoặc phải hoàn trả số thuế GTGT đã được hoàn.

Cơ quan thuế xem xét trên cơ sở hồ sơ, hóa đơn, chứng từ, tính hợp pháp, tính có thật của giao dịch và việc doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện hoàn thuế áp dụng tại kỳ hoàn thuế, thời điểm phát sinh giao dịch. Trường hợp qua kiểm tra, xác minh hoặc theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền xác định hóa đơn không hợp pháp, giao dịch không có thật, doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi gian lận, thông đồng, sử dụng hóa đơn không hợp pháp thì xử lý theo quy định pháp luật.

Từ ngày 1/1/2026, người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT không còn là điều kiện hoàn thuế của bên mua

Khoản 3 Điều 1 Luật số 149/2025/QH15 đã bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 về điều kiện "người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh để đề nghị hoàn thuế", có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Theo đó, đối với kỳ hoàn thuộc phạm vi áp dụng của quy định hiện hành, việc người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất không phải là điều kiện để xác định quyền hoàn thuế của doanh nghiệp mua hàng. Doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện khác về hoàn thuế, hóa đơn, chứng từ và giao dịch theo quy định. Đối với kỳ hoàn trước ngày 1/1/2026, áp dụng quy định pháp luật có hiệu lực tại kỳ hoàn tương ứng.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị và lưu giữ đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch

Kê khai trung thực, đầy đủ; chủ động kiểm tra, rà soát thông tin của người bán và các thông tin liên quan đến giao dịch, bảo đảm giao dịch mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ là có thật và hóa đơn được lập, sử dụng đúng quy định;

Lưu giữ đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh tính hợp pháp, có thật của giao dịch và điều kiện hoàn thuế, như hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, chứng từ giao nhận hàng hóa, vận chuyển, kho bãi, hồ sơ xuất nhập khẩu, hải quan và các tài liệu có liên quan phù hợp với tính chất từng giao dịch;

Chủ động phối hợp với cơ quan thuế, cung cấp đầy đủ, kịp thời, nhất quán thông tin, hồ sơ, tài liệu và thực hiện giải trình khi có yêu cầu. Khi nhận được Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của cơ quan thuế, doanh nghiệp thực hiện giải trình, bổ sung trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo theo quy định tại Thông tư số 89/2026/TT-BTC.

Cơ quan thuế tập trung xác minh đúng nội dung, đúng phạm vi rủi ro

Cơ quan thuế thực hiện quản lý rủi ro để tập trung nguồn lực vào nội dung cần làm rõ, đồng thời xử lý phần số tiền không thuộc phạm vi rủi ro theo đúng trình tự pháp luật.

Đối với số tiền thuế GTGT đã hoàn, việc thu hồi chỉ thực hiện khi có căn cứ theo kết quả kiểm tra, xác minh hoặc kết luận của cơ quan có thẩm quyền xác định doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm theo quy định; không thu hồi chỉ vì người bán hoặc chủ thể khác trong chuỗi về sau phát sinh cảnh báo rủi ro, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động.

Khi gặp vướng mắc, doanh nghiệp chủ động liên hệ cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn, hỗ trợ và giải quyết kịp thời hồ sơ hoàn thuế.