Điều đáng lo ngại đầu tiên là bản thân thị trường hàng không nội địa Nga chưa có công suất lớn, điều này sẽ ảnh hưởng tới tiềm năng của máy bay chở khách Il-96-400M.
Nhu cầu về máy bay đường dài ở Nga trong 2 thập kỷ tới là tương đối khiêm tốn, ước chừng chỉ vào khoảng trên dưới 50 chiếc, khiến việc sản xuất Il-96-400M trở nên đắt đỏ khi không có lợi thế về quy mô.
Vấn đề thứ hai là mặc dù đã được hiện đại hóa nhưng Il-96 xét về nhiều mặt vẫn là một chiếc máy bay lỗi thời. Động cơ PS-90A1 tốn nhiều nhiên liệu và phải lắp tới 4 động cơ thay vì 2 chiếc như trên các máy bay chở khách thân rộng cùng loại của phương Tây.
Nga sẽ phải đợi động cơ PD-35 siêu mạnh ít nhất là đến năm 2030, thậm chí có thể không đợi được nữa khi dự án có dấu hiệu không đạt yêu cầu. Một vấn đề khác đối với Il-96-400M là máy bay có phi hành đoàn 3 người chứ không phải 2 người.
Những lập luận về khả năng cạnh tranh của máy bay Nga so với các sản phẩm tương tự của phương Tây được coi là không thể bác bỏ trong một số giới hạn nhất định.
Một chiếc máy bay đường dài nội địa đã xuất hiện tại Nga, nhưng vẫn chưa hoàn toàn rõ ràng sẽ đặt nó ở đâu và cho ai sử dụng trong tương lai gần.
Có một khả năng khác là Il-96-400M sẽ tiếp tục được hoàn thiện, tiêu tốn tiền ngân sách và sau đó nó chỉ được sản xuất với số lượng thấp khi hoạt động thương mại là không thực tế. Tuy nhiên còn một ý kiến khác.
Rõ ràng là máy bay cần được phát triển hơn nữa. Trong trung hạn, cần phải thay thế động cơ PS-90A1 bằng thứ gì đó tiết kiệm hơn, chẳng hạn như triển khai phiên bản PS-90A3 với nhiều cải tiến.
Về lâu dài, PD-35 sẽ cần thiết và hy vọng điều này cuối cùng sẽ thành hiện thực. Để nhẹ nhàng hơn trong thiết kế và giảm tiêu hao nhiên liệu, Il-96 có thể sử dụng cánh composite, như trên chiếc MS-21 tầm trung.
Việc hiện đại hóa hệ thống điện tử là cần thiết để cho phép chuyển đổi từ phi hành đoàn 3 thành viên sang 2 người, đây là yêu cầu của các hãng hàng không thương mại.
Khi đó Il-96-400M sẽ trở nên thực sự có tính cạnh tranh và có thể cạnh tranh ở các thị trường nước ngoài, ở đâu đó tại Châu Phi, Nam Mỹ hoặc Trung Đông với “người anh em cùng cha khác mẹ” Trung Quốc là CR929.
Nhưng điều này sẽ cần có thời gian, ít nhất là 10 - 15 năm. Để dự án không bị biến mất, nó cần một khách hàng chủ chốt đáng tin cậy ở đây và ngay bây giờ đó phải là Bộ Quốc phòng Nga.
IL-96-400M là một nền tảng rất hứa hẹn, có thể được sử dụng cho mục đích quân sự. Ngoài máy bay Ngày tận thế cùng khung thân, phiên bản Il-96-400T có thể biến thành "máy bay chở dầu chiến lược".
Bên cạnh đó, dựa trên khung thân loại máy bay tầm xa này, có thể tạo ra một loại phi cơ tuần tra - chống ngầm xuất sắc, đủ khả năng kiểm soát Đại Tây Dương và Thái Bình Dương.
Một hướng thú vị khác chính là phát triển phương tiện tấn công tầm xa dựa trên khung thân máy bay chở khách thân rộng, sẽ mang theo hơn 100 tên lửa hành trình phóng từ trên không.
Xét về tổng sức mạnh tấn công, một chiếc Il-96-400M như vậy sẽ ngang bằng với tàu tuần dương hạt nhân hạng nặng Đô đốc Nakhimov, có ưu thế vượt trội về khả năng cơ động và rẻ hơn về chi phí.
Nếu chiếc Il-96-400M được quân đội yêu cầu và bắt đầu được sản xuất với số lượng lớn hơn, nó sẽ có thể trải qua giai đoạn chuyển tiếp một cách hữu cơ trước khi “hoàn thiện” cho hàng không dân dụng.
Viễn cảnh trên đang được báo chí Nga quan tâm sâu sắc và đã đề xuất với Bộ Quốc phòng, tuy nhiên quyết định chưa được đưa ra vì cần có thêm những đánh giá chi tiết.