Cá nhân thuộc tổ chức thực hiện sáp nhập, giải thể tự quyết toán thuế thu nhập cá nhân cần lưu ý gì?

Thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW của Bộ Chính trị, hàng loạt cơ quan, đơn vị hành chính - sự nghiệp và doanh nghiệp đã thực hiện sáp nhập, giải thể từ đầu năm 2025. Việc thay đổi mô hình tổ chức khiến người lao động gặp một số vướng mắc về quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

Quyết toán thuế, cần chứng từ gì?

Giai đoạn này là thời gian cao điểm quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) năm 2025. Theo quy định, đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thay cho người lao động, thời hạn quyết toán thuế TNCN năm 2025 chậm nhất là ngày 31/3/2026. Trường hợp cá nhân trực tiếp quyết toán thuế TNCN, thời hạn chậm nhất là thứ Hai, ngày 4/5/2026.

Theo quy định trước đây, người lao động có thể ủy quyền cho cơ quan chi trả thu nhập thực hiện quyết toán thuế thay. Tuy nhiên, với những trường hợp đơn vị cũ đã giải thể hoặc sáp nhập, người lao động buộc phải tự làm thủ tục này, đồng nghĩa với việc người lao động phải chủ động thu thập chứng từ, xác định nơi nộp hồ sơ và tự kê khai thuế.

Chị Lê Thùy Trang - nhân viên kế toán của Báo Tài chính - Đầu tư (Bộ Tài chính) cho biết, từ ngày 1/3/2025, ba cơ quan báo chí gồm: Thời báo Tài chính Việt Nam, Báo Đầu tư và Báo Đấu thầu sáp nhập thành Báo Tài chính - Đầu tư. Sau sáp nhập, Báo Tài chính - Đầu tư đã thực hiện hủy 2 mã số thuế của 2 cơ quan báo chí là Báo Đầu tư và Báo Đấu thầu; giữ nguyên mã số thuế của Thời báo Tài chính Việt Nam để hoạt động.

Cùng với việc chi trả thù lao cho người lao động, Báo Đầu tư và Báo Đấu thầu đã đẩy tờ khai quyết toán thuế TNCN 2 tháng đầu năm 2025 lên hệ thống thuế điện tử. Tuy nhiên, hiện tại, bộ phận kế toán không thể xuất được chứng từ khấu trừ thuế TNCN để xác nhận khoản thu nhập 2 tháng đầu năm 2025 cho người lao động của Báo Đầu tư, Báo Đấu thầu, do mã số thuế đã bị đóng.

“Bộ phận kế toán phải xác nhận khoản thu nhập đó cho người lao động của Báo Đầu tư, Báo Đấu thầu như thế nào, để cá nhân hoàn thiện thủ tục quyết toán thuế TNCN” - chị Trang nêu câu hỏi.

Hướng dẫn về vấn đề này, đại diện cơ quan thuế cho biết, do mã số thuế của Báo Đầu tư và Báo Đấu thầu đã đóng và không được phép sử dụng từ ngày 1/3/2025, nên việc cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN cho cán bộ, viên chức là không thể được.

Tuy nhiên, việc không cấp được chứng từ khấu trừ thuế TNCN không ảnh hưởng đến việc tự quyết toán thuế của cán bộ, viên chức năm 2025 (tháng 1 - 2/2025), do 2 Báo đã gửi số liệu quyết toán lên hệ thống thuế điện tử và số liệu này được cơ quan thuế chấp nhận để cá nhân tự quyết toán mà không cần có chứng từ khấu trừ thuế TNCN.

Việc này được hướng dẫn tại khoản 2.3 mục II phần B Công văn số 1296/CT-TNV ngày 4/3/2026 của Cục Thuế về việc hướng dẫn quyết toán thuế TNCN đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công: “Trường hợp tổ chức trả thu nhập không cấp chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân do tổ chức trả thu nhập đã chấm dứt hoạt động, thì cơ quan thuế căn cứ cơ sở dữ liệu của ngành Thuế để xem xét xử lý hồ sơ quyết toán thuế cho cá nhân”.

eTax Mobile hỗ trợ tối đa cá nhân tự quyết toán thuế

Với những trường hợp nộp thừa thuế và đủ điều kiện được hoàn thuế, việc xử lý cũng không đơn giản nếu đơn vị cũ đã giải thể, điển hình như câu chuyện của anh N. Tuấn, công tác tại một đơn vị hành chính sự nghiệp vừa thuộc diện sáp nhập theo Nghị quyết số 18-NQ/TW.

Anh Tuấn cho biết, những tháng đầu năm 2025, khi chi trả thu nhập, cơ quan (trước sáp nhập) đã tạm khấu trừ thuế TNCN. Giờ thực hiện hoàn thuế, nhưng anh chưa biết bắt đầu từ đâu, giấy tờ chứng minh cần những loại nào. Trước đây, thủ tục hoàn thuế thường cần xác nhận từ cơ quan chi trả thu nhập, nhưng khi đơn vị cũ không còn, người lao động phải tự chứng minh bằng cách cung cấp sao kê tài khoản ngân hàng, hợp đồng lao động và bảng lương...

Giải đáp về vấn đề này, đại diện Cục Thuế cho biết, ngành Thuế đã ban hành quy trình hoàn thuế TNCN tự động. Quy trình hoàn thuế TNCN tự động ban hành kèm theo Quyết định số 108/QĐ-TCT ngày 24/1/2025 của Tổng cục Thuế (nay là Cục Thuế) được xây dựng trên cơ sở sử dụng hệ thống công nghệ thông tin, hệ thống cơ sở dữ liệu để tự động hóa các bước xử lý, giảm thiểu thời gian giải quyết hồ sơ, giảm số lượng hồ sơ hoàn thuế phải xử lý thủ công của công chức thuế trên cơ sở quy định pháp luật, đồng thời bảo đảm phòng ngừa được các rủi ro liên quan đến thuế TNCN.

Theo đó, sau khi người nộp thuế nộp hồ sơ hoàn thuế TNCN, hệ thống tự động tiếp nhận và phân loại hồ sơ trên cơ sở thực hiện đối chiếu các điều kiện theo quy trình. Theo hướng dẫn mới của cơ quan thuế, người lao động chỉ cần cung cấp số tài khoản cá nhân nhận tiền hoàn trả được xác minh và liên kết với cơ sở dữ liệu quản lý thuế của ngành Thuế.

Những công việc nêu trên do hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin của ngành Thuế tự động thực hiện kể từ khi gửi thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho người nộp thuế.

Bên cạnh đó, để hỗ trợ cá nhân thao tác trên màn hình điện thoại được dễ dàng hơn, trên cơ sở quy định pháp luật, chức năng “Tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân gợi ý” cũng đã được nâng cấp để tạo bảng câu hỏi khảo sát, tạo điều kiện cho người nộp thuế có thể chọn cơ quan thuế được đơn giản và dễ hiểu hơn, qua đó định hướng cơ quan thuế nơi nộp tờ khai quyết toán thuế được chính xác hơn.

Thực tế, dù đã có những biện pháp hỗ trợ, nhưng để tránh rơi vào tình trạng “chạy vạy khắp nơi xin giấy tờ”, ngành Thuế khuyến cáo, người lao động trong diện cơ quan sáp nhập, giải thể nên chủ động thực hiện những việc sau:

Thứ nhất, lấy chứng từ khấu trừ thuế trước khi nghỉ việc. Ngay khi có thông tin sáp nhập, giải thể cơ quan/đơn vị, hãy yêu cầu bộ phận kế toán cung cấp đầy đủ chứng từ thuế.

Thứ hai, sớm tra cứu thông tin thuế trên Cổng thông tin điện tử của ngành Thuế. Nếu chưa nhận được chứng từ, có thể kiểm tra xem đơn vị cũ đã khấu trừ thuế của mình chưa.

Thứ ba, xác định đúng nơi nộp hồ sơ. Nếu có đăng ký giảm trừ gia cảnh, hãy nộp hồ sơ tại cơ quan nơi đã đăng ký hoặc nộp tại Thuế cơ sở nơi cư trú hoặc tạm trú.

Thứ tư, sử dụng dịch vụ khai thuế online. Người lao động có thể kê khai và nộp hồ sơ trực tuyến thay vì đến trực tiếp cơ quan thuế, giúp tiết kiệm thời gian và giảm thiểu sai sót.

Theo Cục Thuế, để hỗ trợ việc kê khai, quyết toán thuế TNCN của người dân được chính xác, đơn giản và thuận tiện, ngành Thuế đã triển khai nâng cấp ứng dụng thuế điện tử (eTax Mobile).

Theo đó, hiện nay, cá nhân có thể sử dụng tài khoản VNeID đã định danh để truy cập vào các ứng dụng eTax Mobile, ứng dụng thuế điện tử dành cho cá nhân (iCanhan) và sử dụng các chức năng “Tra cứu thông tin quyết toán”, “Tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân gợi ý” để tra cứu một số thông tin về thu nhập của bản thân và lập tờ khai quyết toán thuế TNCN gợi ý mà hệ thống đã điền sẵn một số chỉ tiêu./.

Cục Thuế cho biết, sau khi nộp hồ sơ, người nộp thuế nên sử dụng công cụ tra cứu để biết đã hoàn thành nghĩa vụ quyết toán thuế hay chưa, tránh các sai sót xảy ra do không theo dõi, tiếp cận thông tin cơ quan thuế đã thông báo, cung cấp.

Văn Tuấn

Nguồn Thời báo Tài chính: https://thoibaotaichinhvietnam.vn/ca-nhan-thuoc-to-chuc-thuc-hien-sap-nhap-giai-the-tu-quyet-toan-thue-thu-nhap-ca-nhan-can-luu-y-gi-195859.html