Thẩm quyền lập và công bố hoạt động một số loại bến thủy nội địa, bến khách ngang sông dù đã được phân cấp về chính quyền cấp xã; tuy nhiên, hiện việc triển khai còn nhiều khó khăn do quy hoạch chưa theo kịp nhu cầu, thủ tục thiếu hướng dẫn cụ thể, cán bộ chuyên môn còn thiếu. Vì thế, nhiều địa phương, doanh nghiệp lúng túng, ảnh hưởng đến vận tải, khai thác vật liệu và du lịch đường thủy.
