Hồ sơ hoàn thuế bị chậm, doanh nghiệp kiến nghị sớm hướng dẫn

Phải xác minh rõ vướng mắc ở đâu?

Ngày 24/9, tại Hà Nội, Cục Thuế (Bộ Tài chính) tổ chức Hội nghị giải quyết các khó khăn, vướng mắc trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Phát biểu khai mạc, Phó Cục trưởng Cục Thuế Mai Sơn cho biết, hội nghị nhằm tiếp nhận ý kiến của các hiệp hội, doanh nghiệp về vướng mắc cụ thể trong công tác hoàn thuế, xác định rõ vướng mắc phát sinh ở khâu nào, nguyên nhân từ đâu. Đây là cơ sở để cơ quan Thuế xây dựng chương trình hành động và giải pháp xử lý kịp thời.

Phó Cục trưởng Cục Thuế Mai Sơn phát biểu tại sự kiện.

Theo Phó Cục trưởng Mai Sơn, mục tiêu của ngành Thuế là hoàn thuế đúng quy định, kịp thời, cắt giảm thủ tục hành chính nhưng vẫn bảo đảm kiểm soát. Ngành Thuế hướng tới quy trình tự động, hạn chế can thiệp trực tiếp của con người. 

"Con người chỉ can thiệp trên hệ thống để xác định đâu là rủi ro, đâu là tuân thủ", ông Mai Sơn nhấn mạnh. Tuy nhiên, giữa yêu cầu "nhanh" và "đúng" vẫn còn khoảng cách. Theo Phó Cục trưởng Mai Sơn, nhiều hồ sơ được doanh nghiệp phản ánh là "ách tắc" thực chất thuộc diện phải rà soát, xác minh, thậm chí qua khâu điều tra mới đủ căn cứ kết luận có hay không vi phạm. 

Phát biểu tại hội nghị, ông Bùi Trung Hiếu, đại diện Ban Kiểm tra (Cục Thuế) cho biết, tiến độ hoàn thuế năm 2026 đã cải thiện rõ. Cơ quan thuế các tỉnh, thành phố đã kiểm tra trước hoàn 3.392 hồ sơ, tổng số tiền đề nghị hoàn 64.024,3 tỷ đồng. Số tiền đã hoàn trả đạt 56.529 tỷ đồng, tương đương 88,3%; số tiền xử lý qua kiểm tra là 1.656,4 tỷ đồng. Riêng tháng 8, số tiền đã hoàn đạt 17.510,9 tỷ đồng, cao nhất trong kỳ, gần gấp đôi bình quân các tháng trước.

“Song song với việc hoàn nhanh, công tác hậu kiểm được siết chặt. Cơ quan thuế đã kiểm tra 5.990 quyết định hoàn, rà soát 29.120 tỷ đồng. Có 1.817 quyết định sai phạm, chiếm 30,3%; số tiền truy thu, xử phạt 332,2 tỷ đồng, tăng 157% so với cùng kỳ”, ông Hiếu nhấn mạnh.

Tỷ lệ xử lý qua kiểm tra trước hoàn là 2,6% số tiền đề nghị hoàn, trong khi ở khâu sau hoàn là 1,1%. Theo Ban Kiểm tra, điều này cho thấy việc phân loại hồ sơ theo rủi ro đúng hướng: hồ sơ rủi ro cao được ngăn chặn từ khâu tiền kiểm, nhóm hoàn trước kiểm sau có mức sai phạm thấp hơn.

Ông Bùi Trung Hiếu, đại diện Ban Kiểm tra (Cục Thuế) phát biểu tại sự kiện.

Theo ông Hiếu, các hồ sơ rủi ro cao và giao dịch qua nhiều khâu trung gian bắt buộc phải xác minh với nhà cung cấp cũng như cơ quan liên quan. Dù vậy, quá trình xác minh liên tỉnh còn gặp khó và nguồn thông tin do ngân hàng cung cấp chưa kịp thời. Ngoài ra, việc phối hợp liên ngành chưa thực sự thông suốt do đánh giá rủi ro giữa Hải quan và Thuế vẫn còn độ vênh.

Từ phía doanh nghiệp, yêu cầu đặt ra không chỉ là rút ngắn thời gian xác minh mà còn là một quy trình ổn định, dễ dự báo. Đại diện Hiệp hội Doanh nghiệp Hàn Quốc tại Việt Nam cho biết, tại Hàn Quốc, định kỳ 6 tháng, nếu thuế GTGT đầu vào lớn hơn đầu ra, doanh nghiệp được hoàn thuế sau quyết toán mà không cần phát sinh dự án đầu tư, xuất khẩu hay giải thể. Trong khi đó, tại Việt Nam, doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế trong một số trường hợp nhất định. Hiệp hội kiến nghị Việt Nam nghiên cứu, tham khảo cơ chế này.

Đại diện hiệp hội cũng phản ánh vướng mắc phát sinh ngay trong khâu lập hồ sơ. Từ ngày 1/7, hồ sơ hoàn thuế GTGT phải sử dụng mẫu trực tuyến mới, song mẫu này vẫn đang được hoàn thiện. Hiệp hội đề nghị trong thời gian chờ, doanh nghiệp được tiếp tục thực hiện theo cách thức áp dụng trước ngày 1/7.

Vướng chính sách, doanh nghiệp chờ hướng dẫn

Nếu vướng mắc của doanh nghiệp FDI chủ yếu nằm ở quy trình, thì với ngành gỗ, nút thắt nằm ngay trong cách hiểu và áp dụng chính sách.

Theo ông Cao Xuân Thanh, Chánh Văn phòng Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam (VIFOREST), căn cứ Luật Thuế GTGT năm 2024 và văn bản hướng dẫn, gỗ rừng trồng chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, phần lớn địa phương chưa áp dụng, doanh nghiệp vẫn nộp thuế 8% ở khâu nhập khẩu.

 "Nghịch lý là doanh nghiệp đã nộp thuế ở khâu nhập khẩu, nhưng khi sản xuất đồ gỗ xuất khẩu lại không được hoàn thuế", ông Thanh phản ánh. Riêng một doanh nghiệp hội viên có số thuế chưa được hoàn lên tới hàng chục tỷ đồng.

Tình trạng thiếu thống nhất tiếp tục xảy ra với gỗ xẻ sấy và phụ phẩm. Có địa phương yêu cầu nộp thuế 8% khi mua gỗ xẻ sấy, nhưng khi hàng bán sang địa phương khác, bên mua lại xác định đây là đối tượng không chịu thuế. Nguyên nhân là quy định về các công đoạn sơ chế gỗ như xẻ, sấy nằm ở những văn bản khác nhau, dẫn đến cách hiểu, áp dụng giữa các địa phương chưa thống nhất.

Ông Cao Xuân Thanh, Chánh Văn phòng Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam nêu ý kiến tại hội nghị.

Hệ quả là việc xử lý hóa đơn và số thuế đã nộp cũng khác nhau giữa các địa phương. VIFOREST kiến nghị ban hành hướng dẫn thống nhất đối với cơ quan Thuế, Hải quan về điều chỉnh hóa đơn, xử lý số thuế đã nộp trước và sau thời điểm các văn bản hướng dẫn có hiệu lực. Đồng thời, cần làm rõ cơ chế hoàn trả tại Hải quan, khấu trừ, hoàn thuế tại cơ quan Thuế và xử lý dứt điểm hồ sơ tồn đọng.

Tiếp thu ý kiến, Phó Cục trưởng Mai Sơn đề nghị hiệp hội cung cấp thông tin cụ thể về địa phương phát sinh vướng mắc và khẳng định: "Sau hội nghị này, chúng tôi sẽ có văn bản chỉ đạo để xử lý triệt để các vấn đề trong một thời hạn nhất định". 

Khoảng trống hướng dẫn cũng là nguyên nhân khiến hàng hóa xuất khẩu vào kho ngoại quan gặp vướng. Theo bà Phạm Thị Minh Hiền, Phó Trưởng ban Quản lý phát triển nguồn thu (Cục Thuế), hàng hóa được xác định là xuất khẩu khi bán cho tổ chức trong khu phi thuế quan và tiêu dùng trong khu phi thuế quan. Kho ngoại quan đáp ứng điều kiện khu phi thuế quan, song pháp luật thuế chưa quy định rõ tiêu chí, thời điểm, hồ sơ xác định "tiêu dùng trong khu phi thuế quan". Cục Thuế đã lấy ý kiến Bộ Tư pháp, Bộ Công Thương, báo cáo cấp có thẩm quyền ban hành hướng dẫn.

Toàn cảnh sự kiện.

Sau những vướng mắc về quy trình lẫn chính sách, nút thắt lớn nhất vẫn nằm ở công tác xác minh. Nhằm tháo gỡ khó khăn và đẩy nhanh tiến độ giải quyết hồ sơ, Ban Kiểm tra đã đưa ra 4 nhóm giải pháp cụ thể. Theo đó, đơn vị đề xuất tập trung phân luồng hồ sơ tồn đọng, chuẩn hóa quy trình, áp dụng hoàn thuế từng phần cùng quy định rõ thời hạn phản hồi công văn xác minh.