Trong hai ngày 27 và 28/9/1993, tại Bảo tàng Hồ Chí Minh, Hà Nội, Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ III Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam được tổ chức. Diễn ra sau 10 năm xây dựng và trưởng thành của Liên hiệp Hội Việt Nam, Đại hội đánh dấu một bước phát triển mới về tổ chức, phương thức hoạt động và khả năng tập hợp, phát huy trí tuệ của đội ngũ trí thức khoa học và công nghệ, tạo thêm những nền tảng quan trọng để Liên hiệp Hội Việt Nam đồng hành cùng sự nghiệp đổi mới, công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
Ngày 12/5/1988, tại Nhà hát Lớn Hà Nội, Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ II Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam được tổ chức. Diễn ra trong những năm đầu của công cuộc Đổi mới, Đại hội đánh dấu bước trưởng thành quan trọng của Liên hiệp Hội Việt Nam sau 5 năm xây dựng nền móng, mở ra một giai đoạn mới trong tập hợp, đoàn kết và phát huy trí tuệ của đội ngũ trí thức khoa học và công nghệtham gia xây dựng và phát triển đất nước.
Ngày 26/3/1983, tại Thủ đô Hà Nội, Đại hội thành lập Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam được tổ chức. Từ dấu mốc lịch sử ấy, một tổ chức chung của đội ngũ trí thức khoa học và công nghệ Việt Nam chính thức hình thành, mở ra hành trình tập hợp, đoàn kết và phát huy trí tuệ của các nhà khoa học vì sự nghiệp xây dựng và phát triển đất nước.
Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ IV Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam, nhiệm kỳ 1999-2004, được tổ chức tại Hà Nội vào tháng 1/1999.