Nhiều hiệp hội phản ánh vướng mắc về thuế khiến áp lực chi phí và dòng tiền tăng

Trong tháng 4/2026, Ban Nghiên cứu phát triển kinh tế tư nhân (Ban IV) đã tổng hợp các kiến nghị từ hiệp hội và doanh nghiệp liên quan đến những rào cản trong thủ tục hành chính (TTHC).

Những nội dung phản ánh về khó khăn, vướng mắc cùng các đề xuất kiến nghị đã được Ban IV gửi tới Thủ tướng Chính phủ Lê Minh Hưng và Hội đồng Tư vấn cải cách TTHC của Thủ tướng Chính phủ vào ngày 17/4/2026.

Phát sinh nhiều bất cập trong áp dụng thuế GTGT

Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam phản ánh, đối với mặt hàng gỗ sơ chế thông thường đang tồn tại hai cách hướng dẫn khác nhau khi thực hiện quy định về thuế GTGT theo Nghị định số 359/2025/NĐ-CP và Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.

Theo Công văn số 534/PTH-NVDTPC ngày 6/2/2026 của Cục Thuế tỉnh Phú Thọ, trong một số trường hợp, gỗ sơ chế phải áp dụng thuế suất GTGT 10% . Tuy nhiên, tại Công văn số 949/CT-CS ngày 10/2/2026 của Bộ Tài chính - Cục Thuế, loại gỗ này lại được xác định thuộc đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Sự không thống nhất này dẫn đến tình trạng các nhà cung cấp tại Phú Thọ xuất hóa đơn với thuế GTGT 8% theo chính sách giảm thuế, trong khi đối tượng chịu thuế chưa đồng nhất.

Ảnh minh họa.

Theo Hiệp hội Cơ khí điện TP Hồ Chí Minh, tình trạng tương tự cũng xảy ra với nhiều mặt hàng khác khi có nơi áp dụng thuế GTGT 8%, trong khi nơi khác lại áp dụng 10%. Trong trường hợp doanh nghiệp mua đầu vào theo mức 10% nhưng đầu ra áp dụng 8%, khi bị kiểm tra, cơ quan chức năng có thể loại phần chênh lệch và xử phạt, gây thiệt hại cho doanh nghiệp.

Ngoài ra, một số hiệp hội cho biết, có trường hợp doanh nghiệp đã thực hiện giao dịch thực tế, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ nhưng vẫn không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào hoặc bị loại chi phí do bên bán phát sinh vấn đề pháp lý sau thời điểm giao dịch như ngừng hoạt động, thay đổi địa chỉ hoặc bị xác định là doanh nghiệp rủi ro.

Từ vướng mắc này, các hiệp hội và doanh nghiệp kiến nghị Bộ Tài chính - Cục Thuế ban hành hướng dẫn thống nhất trên toàn quốc đối với các mặt hàng còn có cách hiểu khác nhau; làm rõ các khái niệm pháp lý chưa cụ thể. Đồng thời, có cơ chế bảo vệ doanh nghiệp trong trường hợp chứng minh được giao dịch là có thật, hồ sơ hợp lệ. Tăng cường quản lý rủi ro từ phía cơ quan chức năng thay vì chuyển rủi ro sang bên mua; khóa mã số thuế với doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm.

Gia tăng áp lực lớn từ hoàn thuế GTGT

Theo phản ánh, dù quy định cho phép kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót trước thời điểm thanh tra, kiểm tra, nhưng trong thực tế, khi xét hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế vẫn loại các hóa đơn này với lý do “không thuộc kỳ hoàn” và chuyển sang khấu trừ mà không có hướng dẫn cụ thể.

Nhiều doanh nghiệp trong ngành cao su, gỗ cho biết đang gặp khó khăn lớn trong việc hoàn thuế GTGT với số tiền tồn đọng lớn. Trong bối cảnh thị trường khó khăn, giá biến động, nhu cầu giảm, việc hoàn thuế chậm khiến doanh nghiệp phải vay vốn hoặc ứng tiền để nộp thuế, làm gia tăng áp lực dòng tiền.

Một số doanh nghiệp phản ánh, số tiền chưa được hoàn thuế của năm 2023 và từ đầu năm 2026 tới nay bị ứ đọng lớn, ảnh hưởng nghiêm trọng đến khả năng duy trì hoạt động. Đối với doanh nghiệp xuất khẩu áp dụng thuế suất 0%, việc chậm hoàn thuế kéo dài nhiều tháng khiến dòng vốn không thể quay vòng.

Do đó, doanh nghiệp kiến nghị cho phép hoàn thuế GTGT đối với các hóa đơn không thuộc kỳ hoàn thuế theo quy định nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ. Cơ quan thuế cần thực hiện phân loại hồ sơ đúng quy định “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” đối với doanh nghiệp tuân thủ tốt pháp luật thuế. Ngoài ra, cần quy định rõ thời gian xử lý hồ sơ hoàn thuế để doanh nghiệp chủ động kế hoạch tài chính.

Đối với trường hợp kiểm tra trước khi hoàn, chỉ yêu cầu kiểm tra đến doanh nghiệp bán hàng trực tiếp cho doanh nghiệp xuất khẩu nếu các đơn vị này đã kê khai và nộp thuế đầy đủ.

Ngoài ra, doanh nghiệp cũng phản ánh việc cơ quan thuế thường tập trung quyết toán các doanh nghiệp có rủi ro cao, dẫn đến các doanh nghiệp “ít rủi ro” phải chờ nhiều năm mới được quyết toán.

Việc kiểm tra muộn khiến các sai sót tích tụ, dẫn đến mức truy thu và xử phạt lớn. Đồng thời, doanh nghiệp không thể kiểm soát rủi ro phát sinh từ đối tác tại thời điểm giao dịch.

Từ thực tế này, doanh nghiệp đề xuất việc thực hiện cơ chế kiểm tra, quyết toán thuế định kỳ 2 năm/lần.

Không tính tiền chậm nộp đối với khoảng thời gian cơ quan thuế chậm kiểm tra. Đồng thời cho phép doanh nghiệp lựa chọn phương thức “kiểm tra trước - hoàn thuế sau” để đảm bảo minh bạch và an toàn tài chính.

Ban IV nhận định rằng các vướng mắc liên quan đến thuế và hoàn thuế GTGT hiện đang là một trong những rào cản lớn đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Do đó, những vấn đề này cần sớm được tháo gỡ để giảm chi phí tuân thủ và cải thiện môi trường kinh doanh trong thời gian tới.