Hàng loạt những bê bối xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa thời gian qua. Có những vụ việc gây rúng động dư luận đã bị cơ quan công an điều tra, khởi tố.
Những năm qua, Công ty Quản lý đường sông số 3 trúng hàng loạt gói thầu tiền tỷ tại Ban quản lý Vịnh Hạ Long và Cục Đường thủy nội địa (Bộ Giao thông Vận tải).