Không ít quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách do Trung ương quản lý đã bộc lộ nhiều hạn chế trong vận hành, hiệu quả sử dụng vốn chưa cao, nhiệm vụ trùng lặp với ngân sách nhà nước và Ngân hàng Chính sách xã hội. Trước thực trạng này, Kiểm toán Nhà nước đã đưa ra ý kiến về việc sắp xếp lại đối với các quỹ tài chính ngoài ngân sách do Trung ương quản lý.