Căn cứ kết luận, chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư về đề án sắp xếp hệ thống cơ quan thanh tra và chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng, dự thảo quy định cơ cấu tổ chức của Thanh tra Chính phủ gồm 22 đơn vị.
Theo dự kiến, sau khi tiếp nhận 12 thanh tra bộ, sáp nhập một số đơn vị và thành lập thêm các cục mới, cơ cấu tổ chức của Thanh tra Chính phủ sẽ gồm 22 đơn vị trực thuộc.