Công ty TNHH MTV Vận tải biển Gemadept, Công ty TNHH Dịch vụ Tiếp vận toàn cầu, Công ty cổ phần Vận tải thủy Tân Cảng, Công ty cổ phần Tân Cảng Cypress khiếu nại một số cán bộ Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn Khu vực 1 về các nội dung, như: Việc kiểm tra 1 container trong một tờ khai nhưng lại giữ lại toàn bộ các container trong tờ khai đó, dẫn đến 30-50 container cùng vận đơn và tờ khai bị giữ lại đến khi hoàn thành kiểm hóa. Thời gian từ lúc container bị tạm dừng thông quan đến lúc hoàn thành kiểm hóa kéo dài trung bình từ 15 đến 45 ngày. Việc ra quyết định giữ hàng kiểm hóa phải sau 3 ngày đến 10 ngày mới gửi cho người khai hải quan.
Doanh nghiệp cho biết, công chức Hải quan khi kiểm tra gây khó khăn như yêu cầu dỡ hàng ra khỏi container mặc dù hàng hóa đồng nhất, kéo dài thời gian hoàn thành...