Các trường đại học trong nước nỗ lực hướng đến tự chủ. Tuy nhiên, theo đánh giá của nhiều chuyên gia, nền tảng tự chủ đang đối diện với nhiều thách thức.
Để hệ thống giáo dục đại học (GDĐH) nhất là hệ thống giáo dục công lập phát triển, ngoài bệ phóng là hiệu quả công tác nghiên cứu khoa học (NCKH) và chuyển giao công nghệ thì tài chính đóng vai trò tối quan trọng. Tuy vậy, theo nhiều chuyên gia giáo dục, đây vẫn là thách thức lớn với hệ thống đại học công thời gian tới.