Thời gian qua, nhiều người dân, du khách ngang nhiên giẫm đạp để săn cái đẹp, check-in, làm 'khổ' san hô ở Hòn Yến. Để bảo vệ san hô, địa phương tổ chức nhiều cuộc họp bàn biện pháp bảo vệ. Theo đó, du khách đến đây có thể trải nghiệm ngắm san hô từ… thuyền thúng.
Theo các nghiên cứu, san hô quyết định 50% việc sinh trưởng của các nguồn lợi thủy sản, ươm giống, sinh nở; đóng góp gần 80% cho ngành du lịch biển. Tuy nhiên, tại khu vực Nam Trung bộ, nhiều vùng vịnh từng ghi dấu những 'ngôi nhà' san hô khổng lồ, nay đang dần bị xâm hại, tàn phá nghiêm trọng.
Di tích danh thắng quốc gia Hòn Yến, xã An Hòa Hải, huyện Tuy An, Phú Yên có 17 loài san hô sinh sống. Do được hình thành trên trầm tích của núi lửa nên san hô ở Hòn Yến mang vẻ đẹp riêng khác biệt.