Với đặc thù phải huy động nhiều vốn vay để tài trợ nguồn hàng, hiện nay, không ít doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn trong thời kỳ tín dụng thắt chặt, lãi suất ngân hàng tăng mạnh, biến động tỷ giá, kinh tế thế giới suy thoái và lạm phát tăng cao. Điều đó đã làm ảnh hưởng lớn đến kế hoạch kinh doanh và chi phí vốn của các doanh nghiệp ngành thủy sản.
Được đánh giá là phương thức vận tải có nhiều ưu thế nổi trội, thế nhưng hiệu quả của vận tải đường thủy ở ĐBSCL đến nay chưa tương xứng với tiềm năng.