Là doanh nghiệp với 100% vốn sở hữu của Nhà nước nhưng trong mấy năm gần đây, Công ty Thủy lợi Nam Nghệ An đã có nhiều lình xình trong tài chính như: chứng từ thu, chi chỉ thể hiện chữ ký mà không ghi họ và tên của người lập, người duyệt và những người có liên quan đến chứng từ kế toán; công tác giám sát của chủ đầu tư chưa chặt chẽ dẫn đến một số công trình thi công chưa đúng thiết kế, dự toán, nghiệm thu sai khối lượng, làm sai lệch giá trị thanh quyết toán của công trình…