Các doanh nghiệp chế biến và xuất khẩu thủy sản hiện vẫn đang gặp nhiều vướng mắc về các thủ tục liên quan đến truy xuất nguồn gốc thủy sản, bởi nhiều bất cập, như: Cấp giấy xác nhận nguyên liệu đánh bắt (S/C); Quy định không trộn lẫn nguyên liệu thủy sản nhập khẩu với nguyên liệu thủy sản có nguồn gốc từ khai thác trong nước; chuyển đổi sản phẩm xuất khẩu sang tiêu dùng nội địa…