Sau khi xác định khoa học cơ bản là nền tảng chiến lược của phát triển quốc gia, điều quan trọng không kém là phải nhìn thẳng vào những 'nút thắt' đã tồn tại nhiều năm khiến nền khoa học Việt Nam chưa phát huy hết tiềm năng. Từ cơ chế tài chính ngắn hạn, tư duy quản lý nặng thủ tục đến việc thiếu các nhóm nghiên cứu mạnh, trung tâm xuất sắc và môi trường đủ sức giữ chân nhân tài, những điểm nghẽn ấy đang làm chậm quá trình chuyển hóa tri thức thành sức mạnh quốc gia. Tháo gỡ những rào cản đó không chỉ là yêu cầu của ngành khoa học mà còn là điều kiện tiên quyết để hiện thực hóa khát vọng phát triển đất nước đến năm 2045.