VASEP kiến nghị tháo gỡ vướng mắc thuế cho doanh nghiệp thủy sản

Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) vừa có công văn gửi Bộ Tài chính, đồng kính gửi Cục Thuế và Cục Hải quan, phản ánh các vướng mắc về thuế và kiến nghị giải pháp tháo gỡ cho doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu thủy sản.

Theo VASEP, doanh nghiệp thủy sản hiện vẫn gặp nhiều khó khăn do cách hiểu và áp dụng chính sách chưa thống nhất giữa các địa phương, cơ quan quản lý hoặc các thời kỳ. Các vấn đề tập trung vào hoàn thuế GTGT, chính sách thuế đối với sản phẩm thủy sản, phân định “sơ chế - chế biến”, ưu đãi thuế TNDN, tỷ giá trên hóa đơn điện tử, hàng xuất khẩu bị trả về, thuế TNCN và tính thống nhất trong thực thi chính sách.

Khoanh đúng phần rủi ro khi hoàn thuế GTGT

Đối với doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản, thuế GTGT đầu vào lớn và nhu cầu hoàn thuế phát sinh thường xuyên. VASEP cho biết có trường hợp hồ sơ bị kéo dài do hệ thống cảnh báo rủi ro tại một số hóa đơn hoặc nhà cung cấp F2, F3, trong khi cả phần giao dịch không có dấu hiệu rủi ro cũng phải chờ xác minh.

Theo VASEP, Công văn 6936 đã làm rõ nguyên tắc: cảnh báo rủi ro là căn cứ để phân loại, xác minh, không đồng nghĩa giao dịch không có thật. Nếu chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro thì cần khoanh đúng phần đó để kiểm tra, phần còn lại đủ điều kiện cần tiếp tục được giải quyết.

Hiệp hội kiến nghị áp dụng thống nhất nguyên tắc này trên toàn quốc, không tự động bác hoàn hoặc thu hồi thuế chỉ dựa vào cảnh báo F2, F3 hoặc việc nhà cung cấp thay đổi trạng thái sau giao dịch. Đồng thời, cần làm rõ quyền hoàn thuế đối với nguyên liệu nhập khẩu theo A11/A12 sau đó đưa vào sản xuất và xuất khẩu theo B11, dựa trên bản chất sử dụng hàng hóa và hồ sơ chứng minh.

Một vướng mắc khác là cùng sản phẩm tôm, cá, mực, nghêu đông lạnh nhưng cách áp dụng thuế GTGT có thể khác nhau giữa các địa phương, tùy nguồn hàng, mức độ sơ chế, chủ thể bán và khâu lưu thông.

Có trường hợp hàng hóa được xác định không chịu thuế; trường hợp khác là không phải kê khai, tính nộp thuế, trong khi một số trường hợp áp dụng thuế suất 8% hoặc 10%. Thậm chí, bên bán đã kê khai, nộp thuế nhưng cơ quan thuế quản lý bên mua lại không chấp nhận khấu trừ hoặc hoàn thuế đầu vào.

Theo VASEP, biên lợi nhuận của nhiều đơn hàng thủy sản chỉ khoảng 3%-5%. Vì vậy, khoản thuế GTGT 8% hoặc 10% không được khấu trừ, hoàn thuế có thể ảnh hưởng đáng kể đến hiệu quả giao dịch.

Hiệp hội đề nghị ban hành hướng dẫn thống nhất trên toàn quốc và xây dựng bảng tra cứu theo nhóm sản phẩm, quy trình sản xuất, với các ví dụ cụ thể đối với tôm, cá, mực, nghêu ở dạng tươi sống, đông lạnh và qua các công đoạn sơ chế phổ biến.

Phân định rõ sơ chế - chế biến để tránh cách hiểu khác nhau

Theo VASEP, việc phân định “sơ chế” và “chế biến” là điểm nghẽn quan trọng. Một quy trình gồm làm sạch, bỏ đầu, lấy ruột, bóc vỏ, cắt, fillet, cấp đông, mạ băng, đóng gói có thể được xem là “sơ chế thông thường” khi áp dụng thuế GTGT nhưng lại được xác định là “chế biến” khi xem xét ngành nghề và ưu đãi thuế TNDN.

Quyết định 36/2025/QĐ-TTg về Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam xác định ngành 1020 là “Chế biến, bảo quản thủy sản và các sản phẩm từ thủy sản”, bao gồm nhiều hoạt động như làm lạnh, sấy khô, hun khói, ướp muối, đóng gói. Tuy nhiên, VASEP lưu ý đây là văn bản phân ngành kinh tế, không trực tiếp quy định đối tượng chịu thuế hay điều kiện ưu đãi thuế.

Do đó, hiệp hội đề nghị tách rõ việc xác định bản chất hoạt động, ngành nghề theo hệ thống ngành kinh tế Việt Nam với việc xác định chế độ thuế theo pháp luật về GTGT, TNDN. Việc một sản phẩm được xác định là sơ chế hay chế biến cho mục đích GTGT không nên mặc nhiên quyết định toàn bộ hoạt động sản xuất của doanh nghiệp cho mục đích TNDN.

VASEP cũng đề nghị có tiêu chí rõ ràng đối với hoạt động gia công thủy sản và sản phẩm từ phụ phẩm như bột cá, mỡ cá; việc doanh nghiệp không sở hữu nguyên liệu không nên là căn cứ duy nhất để loại hoạt động khỏi chế biến. Đồng thời, cần hướng dẫn cách xác định tỷ lệ giá trị nguyên liệu nông, thủy sản trong chi phí sản xuất để hưởng ưu đãi TNDN.

Về tỷ giá, VASEP kiến nghị thống nhất nguyên tắc đối chiếu giữa hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan và sổ kế toán. Chênh lệch quy đổi VND giữa hóa đơn và tờ khai hải quan không nên tự thân bị coi là sai hóa đơn hoặc căn cứ bác hoàn thuế nếu doanh nghiệp xác định tỷ giá đúng quy định.

Đối với hàng xuất khẩu bị trả về để sửa chữa, tái chế rồi tái xuất, hiệp hội đề nghị nếu đáp ứng điều kiện pháp luật thì xem xét xử lý theo diện không chịu thuế GTGT khi tái nhập, thay vì “nộp trước - hoàn sau”.

Về thuế TNCN, VASEP kiến nghị tiền lương phát sinh trong thời gian hợp đồng lao động còn hiệu lực, dù được thanh toán sau ngày chấm dứt hợp đồng theo kỳ lương đã thỏa thuận, được khấu trừ theo biểu thuế lũy tiến từng phần, thay vì áp dụng mức 10% chỉ vì thời điểm trả tiền sau ngày nghỉ việc.

Theo VASEP, nhiều vướng mắc còn xuất phát từ cách hiểu khác nhau giữa các địa phương, thời kỳ và cơ quan quản lý. Có trường hợp kỳ thuế đã được kiểm tra nhưng doanh nghiệp tiếp tục phải giải trình lại.

Hiệp hội đề nghị thiết lập cơ chế kế thừa kết quả thanh tra, kiểm tra, không kiểm tra lặp lại cùng nội dung nếu không có chứng cứ mới; đồng thời quy định rõ thời điểm áp dụng và cơ chế chuyển tiếp khi thay đổi hướng dẫn.

Đối với các vấn đề liên quan đồng thời đến thuế, hải quan và quản lý chuyên ngành thủy sản, VASEP kiến nghị có hướng dẫn liên ngành và bộ tình huống chuẩn áp dụng trên toàn quốc, qua đó giúp doanh nghiệp giảm rủi ro do khác biệt trong cách hiểu và thực thi chính sách.