Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác quản lý hoạt động xây dựng vẫn còn một số bất cập, hạn chế trong quá trình triển khai dự án, được Kiểm toán nhà nước (KTNN) chỉ ra. Từ đó, Bộ Xây dựng đề nghị các Bộ, ngành, địa phương có chỉ đạo chấn chỉnh bất cập đã được KTNN, cơ quan thanh tra chỉ ra.