Xã Cổ Đô được hình thành trên cơ sở nhập toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số của các xã: Cổ Đô, Phú Cường, Phú Hồng, Vạn Thắng, Phú Đông, Phong Vân (huyện Ba Vì).