Hành vi sai phạm của các bị cáo đã xâm phạm vào hoạt động đúng đắn của cơ quan quản lý Nhà nước, làm suy giảm niềm tin của Nhân dân đối với Đảng, Nhà nước, gây ảnh hưởng xấu đến dư luận.
Vụ án này là một điển hình cho 'lợi ích nhóm', 'nhóm lợi ích' và 'thông đồng cấu kết tham nhũng có hệ thống'. Đó là, sự cấu kết, thông đồng giữa doanh nghiệp với người có thẩm quyền, vì lợi ích vật chất đã thực hiện trái quy định của pháp luật, tạo điều kiện để doanh nghiệp trục lợi, gây thiệt hại cho nhà nước đặc biệt nghiêm trọng.
Nguyễn Thanh Long (cựu Bộ trưởng Bộ Y tế) giao cho Nguyễn Huỳnh, Phó trưởng phòng Quản lý giá, Cục Quản lý dược, Bộ Y tế, nguyên Thư ký của Long làm đầu mối liên hệ để giúp Công ty Việt Á; trực tiếp can thiệp và chỉ đạo Nguyễn Huỳnh can thiệp, tác động để được cấp số đăng ký lưu hành, hiệp thương giá...
Hai cựu Vụ trưởng của Bộ Y tế là Nguyễn Minh Tuấn và Nguyễn Nam Liên đã giúp để Công ty Việt Á được cấp số đăng ký lưu hành chính thức Test xét nghiệm và quyết định giá hiệp thương, nâng khống giá Test xét nghiệm lên gấp nhiều lần so với giá trị thực.
Cựu Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thanh Long bị cáo buộc với hàng loạt sai phạm nghiêm trọng trong việc giúp Công ty Việt Á làm sai, thu lời bất chính số tiền đặc biệt lớn và được nhận hối lộ hơn 51,1 tỉ đồng.
Dù chỉ là chuyên viên nhà xuất bản, Nguyễn Thanh Thủy lại có mối quan hệ cá nhân giúp Việt Á đủ điều kiện xuất khẩu, mời được quan chức đến dự lễ trao tặng test xét nghiệm, trong đó có cựu bộ trưởng Nguyễn Thanh Long.
Mặc dù công trình nghiên cứu, chế tạo bộ kit Test Covid-19 thuộc sở hữu Nhà nước, với kinh phí gần 19 tỷ đồng, nhưng với sự giúp sức nhiệt tình của nhiều lãnh đạo, cán bộ Nhà nước, đã trở thành tài sản riêng của Việt Á, mang đi bán cho chính các cơ quan Nhà nước và người dân, kiếm lời hơn 1.230 ngàn tỷ đồng.
Để Công ty Việt Á được Bộ Y tế lựa chọn cấp phép lưu hành, sản xuất và tiêu thụ Test xét nghiệm Covid-19, trục lợi hàng ngàn tỷ đồng, Phan Quốc Việt đã phải nhờ đến 'bàn tay' của Nguyễn Văn Trịnh, cán bộ Văn phòng Chính phủ.
Do không có động cơ vụ lợi, không thông đồng, không hưởng lợi trong vụ Việt Á nên cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Trường Sơn chỉ bị kỷ luật về mặt Đảng, không bị xử lý hình sự.
Sau khi can thiệp, tác động giúp Công ty Việt Á được sản xuất, tiêu thụ Test xét nghiệm Covid-19, thu lợi bất chính số tiền khổng lồ, Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thanh Long và trợ lý Nguyễn Huỳnh đã gợi ý, đề nghị Phan Quốc Việt 'lại quả'.
Ông Chu Ngọc Anh (cựu Bộ trưởng Bộ KHCN, cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội) giúp Việt Á nhận loạt bằng khen, Huân chương Lao động không đúng thành tích.
Do được tạo điều kiện nâng khống giá kit test xét nghiệm Covid-19, ông chủ Việt Á Phan Quốc Việt đã đưa tổng số tiền 3,45 triệu USD và 4 tỷ đồng 'cảm ơn' một số người, trong đó riêng ông Nguyễn Thanh Long, cựu Bộ trưởng Bộ Y tế là 2,25 triệu USD. Cơ quan điều tra xác định số tiền Việt Á đưa hối lộ cho các cựu quan chức là hơn 106 tỷ đồng.