Sau khi cả nước thực hiện mô hình chính quyền địa phương hai cấp, hệ thống khuyến nông đang thực hiện tổ chức lại để thích ứng với cơ cấu tổ chức, nhiệm vụ mới và nâng cao năng lực, đồng hành cùng nông dân.
Theo thông tư 60, hệ thống khuyến nông được tổ chức thành hai cấp: Khuyến nông cấp tỉnh và Khuyến nông cấp xã.
Thông tư hướng dẫn tổ chức khuyến nông cấp tỉnh, xã giúp chuẩn hóa hệ thống, vận hành liên thông, đồng bộ, phù hợp mô hình chính quyền hai cấp.