Việc thực thi chính sách liên quan đến thủy điện nhỏ gặp nhiều khoảng trống, đặc biệt trong việc bảo vệ môi trường sinh thái và cộng đồng địa phương.
Nhiều năm nay, một số nhà máy thủy điện trên địa bàn huyện Tương Dương (Nghệ An) xảy ra tình trạng ứ đọng các loại rác thải như rác thải sinh hoạt, cây cối… trên lòng hồ với khối lượng lớn gây ô nhiễm nguồn nước, môi trường xung quanh.