Bồi lắng kéo dài khiến nhiều đoạn sông Ngàn Phố bị thu hẹp, hình thành cồn cát, bãi bồi, ảnh hưởng tiêu thoát lũ và giao thông đường thủy. Hà Tĩnh dự kiến nạo vét gần 33km tuyến sông này trong giai đoạn 2026 - 2028.
Nhiều tuyến sông ở Hà Tĩnh bị bồi lắng, bị lấn chiếm và nhiều bèo, cây cỏ phát triển làm thu hẹp dòng chảy, giảm khả năng tiêu thoát nước trong mùa mưa bão.