Doanh nghiệp 'trải lòng về những bất cập thực tiễn về thuế và hải quan

Ngày 26/12, tại Hội nghị đối thoại với người nộp thuế về chính sách, thủ tục thuế và hải quan năm 2025 tổ chức tại Hà Nội, Thứ trưởng Bộ Tài chính Cao Anh Tuấn cho biết, trong bối cảnh kinh tế còn nhiều biến động, Bộ đã trình cấp có thẩm quyền gói giải pháp hỗ trợ kỷ lục.

Cụ thể, tổng quy mô gói hỗ trợ lên tới 241.740 tỷ đồng. Trong đó, gia hạn thuế và tiền thuê đất khoảng 116.100 tỷ đồng; giảm thuế, phí và lệ phí khoảng 125.640 tỷ đồng. Chủ tịch VCCI Hồ Sỹ Hùng đánh giá cao sự đồng hành này, khẳng định các chính sách miễn, giảm thuế đã giúp doanh nghiệp củng cố niềm tin, luân chuyển dòng tiền để tái đầu tư.

Hội nghị thu hút sự tham gia đông đảo của các chuyên gia và cộng đồng doanh nghiệp.

Năm 2025 đánh dấu bước tiến lớn trong cải cách hành chính. Ngành Thuế đã cắt giảm từ 235 xuống còn 223 thủ tục, 100% dịch vụ được cung cấp trực tuyến. Đáng chú ý, từ tháng 4/2025, hệ thống hoàn thuế thu nhập cá nhân (TNCN) tự động sẽ được triển khai, cùng với việc ứng dụng AI và Big Data để giám sát hoàn thuế và hỗ trợ người nộp thuế qua Chatbot.

Trong lĩnh vực Hải quan, hệ thống thông quan tự động đã giúp rút ngắn 56,4% thời gian giải quyết thủ tục. Đại diện ngành Hải quan khẳng định đang khẩn trương nâng cấp Hệ thống Một cửa quốc gia (NSW) lên nền tảng số, dự kiến hoàn tất vào năm 2026 để tối ưu hóa hơn nữa quy trình giao thương.

Dù ủng hộ lộ trình hiện đại hóa, nhiều doanh nghiệp và chuyên gia đã nêu lên những vướng mắc sát sườn.

Đại diện Công ty TNHH Integral Materials Investment Việt Nam nêu thực trạng: Để giữ chân lao động lành nghề trong bối cảnh thiếu đơn hàng, doanh nghiệp đã tăng lương 10-20%. Câu hỏi đặt ra là khoản chi này có được coi là chi phí hợp lý?

Phản hồi từ cơ quan Thuế khẳng định việc tăng lương từ 10% - 20% để giữ chân lao động trong bối cảnh thiếu hụt đơn hàng được coi là chi phí hợp lý khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Để khoản chi này được chấp nhận, doanh nghiệp cần đảm bảo các điều kiện về việc thực tế phát sinh gắn liền với hoạt động kinh doanh, có đầy đủ hóa đơn chứng từ và thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt cho các khoản trên 5 triệu đồng.

Cơ quan Thuế nhấn mạnh, quan trọng nhất, các mức chi trả này phải được quy định cụ thể trong hợp đồng lao động, thỏa ước lao động tập thể hoặc quy chế tài chính nội bộ của đơn vị theo đúng tinh thần của Luật Thuế và Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

Đối với việc áp dụng thuế suất giá trị gia tăng 8%, cơ quan Thuế khuyến nghị đơn vị cần đối chiếu kỹ mã HS và mô tả hàng hóa theo Nghị định 174/2025 để đảm bảo tính chính xác, đồng thời nhấn mạnh ưu đãi mới cho lĩnh vực nông sản khi doanh nghiệp mua hàng chưa chế biến để bán lại sẽ không phải kê khai nộp thuế nhưng vẫn được hưởng quyền lợi khấu trừ đầu vào.

Về thủ tục hải quan, trước kiến nghị của các đơn vị (như Công ty Ngân Hà hay Terumo Việt Nam), đại diện ngành Hải quan khẳng định đang đẩy nhanh lộ trình số hóa Hệ thống Một cửa quốc gia để hoàn tất vào năm 2026, đồng thời cam kết áp dụng cơ chế quản lý rủi ro linh hoạt nhằm giảm thiểu giám sát trực tiếp, hỗ trợ tối đa cho hoạt động sản xuất và tiêu hủy của các doanh nghiệp chế xuất ưu tiên.

Đối với loại hình nhập khẩu tại chỗ và thủ tục tiêu hủy của doanh nghiệp chế xuất, cơ quan quản lý cam kết sẽ áp dụng quản lý rủi ro linh hoạt, giảm thiểu sự giám sát trực tiếp đối với các doanh nghiệp ưu tiên để đẩy nhanh tiến độ sản xuất.

Bà Lê Thị Duyên Hải - Phó tổng thư ký Hội Tư vấn thuế Việt Nam kiến nghị: Cần rà soát lại mức xử phạt tại Nghị định 310/2025. Hiện nay, cá nhân vi phạm lỗi thủ tục (không cố ý, không làm thiếu số thuế nộp) vẫn bị phạt 6-8 triệu đồng là quá lớn. Bà Hải đề xuất cơ quan thuế cần có "thời gian chuyển tiếp" và cơ chế nhắc nhở thay vì áp dụng phạt ngay, nhất là khi hộ kinh doanh chuyển sang kê khai thuế điện tử từ năm 2026.

Một vấn đề nóng được nêu ra là việc các sàn TMĐT đã thu và nộp thuế thay cho người bán nhưng lại không ủy nhiệm xuất hóa đơn. Doanh nghiệp kiến nghị cần quy định rõ: Sàn đã khấu trừ thuế thì phải có trách nhiệm xuất hóa đơn cho người mua để đồng bộ hóa dữ liệu.

Kết luận hội nghị, lãnh đạo Bộ Tài chính khẳng định sẽ tiếp thu toàn bộ các kiến nghị để hoàn thiện thể chế. Mục tiêu không chỉ là thu đúng, thu đủ mà là tạo ra một môi trường kinh doanh minh bạch, nơi các rào cản hành chính được xóa bỏ để doanh nghiệp tập trung tối đa cho sản xuất kinh doanh.

"Bộ Tài chính mong muốn doanh nghiệp chủ động tận dụng các gói hỗ trợ, đồng thời nâng cao tính tuân thủ để cùng đạt được mục tiêu tăng trưởng kinh tế năm 2025", đại diện Bộ nhấn mạnh.

Thanh Hoa