Giao dịch liên kết: Xu hướng thanh kiểm tra mới và cơ hội từ APA

Ảnh minh họa.

Giao dịch liên kết - “điểm nóng” trong quản lý thuế

Cơ quan thuế Việt Nam trong nhiều năm qua đã tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Theo Báo cáo về tình hình thanh kiểm tra của Cục Thuế, trong 6 tháng đầu năm 2025, ngành thuế đã tiến hành thanh tra, kiểm tra 119 doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết; qua đó truy thu, truy hoàn và phạt 600 tỷ đồng; giảm lỗ 3.579 tỷ đồng; giảm khấu trừ 3,2 tỷ đồng và điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế 5.091 tỷ đồng.

Trong đó, việc thanh tra, kiểm tra xác định lại giá thị trường đối với giao dịch liên kết đã truy thu 360 tỷ đồng, giảm lỗ 3.139 tỷ đồng, điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế 4.957 tỷ đồng.

Quan sát các năm trước, những cuộc kiểm tra về giao dịch liên kết thường tập trung vào các doanh nghiệp có quy mô giao dịch liên kết lớn hoặc lỗ kéo dài nhiều năm. Tuy nhiên, trong hơn một năm trở lại đây, các doanh nghiệp phát sinh chi phí dịch vụ nội bộ với các công ty liên kết tại nước ngoài cũng có xu hướng được đưa vào danh sách được chú ý.

Trong các cuộc thanh kiểm tra, cơ quan thuế thường tập trung vào ba nhóm vấn đề lớn: tính tuân thủ của bộ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, phân tích so sánh và các giao dịch dịch vụ đặc thù.

Thứ nhất, doanh nghiệp phải nộp đầy đủ bộ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết đúng thời hạn để đảm bảo tính tuân thủ theo quy định. Trong trường hợp doanh nghiệp không thể cung cấp hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết đúng hạn theo yêu cầu, đoàn kiểm tra có thể thực hiện ấn định, điều chỉnh giá, tỷ suất lợi nhuận trong giao dịch liên kết của doanh nghiệp.

Thứ hai, đối với truy vấn về phân tích so sánh, trường hợp doanh nghiệp không lựa chọn phương pháp xác định giá giao dịch liên kết phù hợp, không xác thực được nguồn dữ liệu sử dụng cho mục đích so sánh, hoặc không chứng minh được mức giá, tỷ suất lợi nhuận tuân thủ nguyên tắc giao dịch độc lập thì rủi ro bị điều chỉnh về giao dịch liên kết là rất cao.

Thứ ba, phí bản quyền và các dịch vụ nội bộ tập đoàn cũng được cơ quan thuế chú trọng trong thời gian gần đây. Doanh nghiệp được yêu cầu chứng minh dịch vụ đã được thực hiện, lợi ích mà doanh nghiệp nhận được từ dịch vụ và giá áp dụng trong giao dịch tuân thủ nguyên tắc giao dịch độc lập.

APA - “lá chắn” mới giảm rủi ro thuế và cơ hội cho doanh nghiệp

APA là thỏa thuận giữa người nộp thuế và cơ quan thuế về phương pháp xác định giá giao dịch liên kết trong tương lai. Khác với cơ chế thanh kiểm tra dựa trên dữ liệu về giao dịch thực tế phát sinh, APA cho phép doanh nghiệp đàm phán trước về mức giá, mức tỷ suất lợi nhuận để thống nhất cách xác định giá, lợi nhuận phù hợp, qua đó đảm bảo tính chắc chắn trong thực hiện nghĩa vụ thuế.

Trên cơ sở APA đơn phương, APA còn được mở rộng sang cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế song phương (BAPA) hoặc đa phương (MAPA), gọi chung là APA.

Hiện nay, cơ chế APA đã được áp dụng rộng rãi tại nhiều quốc gia như Hoa Kỳ, Nhật Bản, Hàn Quốc... Việt Nam cũng đã bắt đầu triển khai APA cách đây hơn 10 năm, tuy nhiên, đến năm 2025, cơ chế này mới thực sự được cải thiện rõ rệt nhờ những thay đổi pháp lý quan trọng.

Ngày 11/6/2025, Chính phủ ban hành Nghị định số 122/2025/NĐ-CP cho phép Bộ Tài chính chủ động phê duyệt và ký kết các BAPA, MAPA mà không cần trình Chính phủ như trước. Quy định mới giúp rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ, tăng tính linh hoạt và khuyến khích doanh nghiệp tham gia.

Cùng với đó, Nghị định số 20/2025/NĐ-CP sửa đổi một số quy định trong Nghị định số 132/2020/NĐ-CP, tạo khung pháp lý minh bạch hơn cho việc kê khai và xác định giá giao dịch liên kết. Các chuyên gia đánh giá đây là bước tiến lớn giúp Việt Nam tiệm cận thông lệ quốc tế trong quản trị thuế hiện đại.

Từ góc độ doanh nghiệp, những thay đổi này mở ra cơ hội thực tế cho các tập đoàn đa quốc gia có thể đề nghị áp dụng APA cho các giao dịch phức tạp như phí bản quyền, phí dịch vụ nội nộ. Đồng thời, việc đàm phán BAPA/MAPA cũng giúp giảm thiểu rủi ro đánh thuế hai lần trên cùng một giao dịch.

Tất Hồng Quân - Phó Tổng Giám đốc Dịch vụ Tư vấn thuế, Deloitte