Số hóa quản lý thuế giá trị gia tăng và hóa đơn: Những điểm mới và tác động đến doanh nghiệp

Đây được xem là bước tiếp theo trong quá trình số hóa quản lý thuế, đồng thời đặt ra yêu cầu cao hơn về tính chính xác và khả năng kiểm soát dữ liệu của doanh nghiệp.

Các doanh nghiệp cần tuân thủ Thông tư số 91/2026/TT-BTC để nâng cao chất lượng quản trị tài chính và giảm rủi ro trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế. Ảnh: Nhật Nam

Siết chặt quản lý, nâng cao tính minh bạch

Thông tư số 91/2026/TT-BTC không trực tiếp thay đổi thuế suất giá trị gia tăng, mà tập trung vào việc lập, quản lý và xử lý hóa đơn, qua đó tác động đến căn cứ kê khai, khấu trừ và xác định nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

Đáng chú ý, khi hóa đơn điện tử có sai sót, người bán được lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế. Nếu tiếp tục phát hiện sai sót, các lần xử lý sau phải thống nhất với hình thức đã lựa chọn trước đó. Vì vậy, doanh nghiệp, nhất là đơn vị có số lượng hóa đơn lớn, cần xây dựng quy trình xử lý thống nhất, phân định rõ trách nhiệm giữa bộ phận bán hàng, kế toán và quản trị hóa đơn.

Với những sai sót về tên, địa chỉ, số tiền bằng chữ hoặc một số nội dung khác nhưng không ảnh hưởng đến mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế và hàng hóa, người bán chỉ cần thông báo cho người mua mà không phải lập lại hóa đơn. Quy định này giúp giảm số lượng hóa đơn phải điều chỉnh, song doanh nghiệp phải phân biệt rõ sai sót thông tin với sai sót làm thay đổi căn cứ tính thuế để tránh rủi ro khi kê khai giá trị gia tăng.

Đồng thời, Thông tư cũng hướng dẫn thời điểm kê khai đối với hóa đơn điều chỉnh, thay thế; quy định về đăng ký, thay đổi nội dung sử dụng hóa đơn điện tử; xác định người nộp thuế có rủi ro cao; ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử; ủy nhiệm lập hóa đơn và cấp hóa đơn theo từng lần phát sinh.

Những quy định mới đặt ra yêu cầu quản lý hóa đơn gắn với hệ thống quản trị tổng thể. Dữ liệu hóa đơn cần thống nhất với hợp đồng, đơn hàng, phiếu xuất kho, biên bản nghiệm thu, chứng từ thanh toán và hồ sơ khai thuế. Khi cơ quan thuế tăng cường quản lý dựa trên dữ liệu điện tử, những bất nhất giữa các hệ thống có thể trở thành nội dung doanh nghiệp phải giải trình.

Thông tư số 91/2026/TT-BTC cũng làm rõ hơn đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử, trong đó có một số lĩnh vực như: Ngân hàng, chứng khoán, tài sản mã hóa và dịch vụ hỗ trợ giao dịch trên sàn giao dịch các-bon. Quy định về hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền và cấp hóa đơn theo từng lần phát sinh cũng được hướng dẫn cụ thể.

Đối với hóa đơn giá trị gia tăng kiêm tờ khai hoàn thuế, Thông tư quy định rõ thông tin về doanh nghiệp bán hàng, khách hàng nước ngoài, hàng hóa, thuế suất, tiền thuế và phần dành cho cơ quan hải quan, ngân hàng thương mại làm đại lý hoàn thuế.

Doanh nghiệp bán hàng cho khách nước ngoài thuộc diện hoàn thuế cần tăng cường phối hợp giữa các bộ phận bán hàng, kế toán, xuất nhập khẩu và ngân hàng, bảo đảm dữ liệu hóa đơn và hồ sơ hoàn thuế thống nhất, chính xác.

Tăng trách nhiệm của doanh nghiệp trong quản trị

Theo Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư ký Hội Tư vấn thuế Việt Nam Lê Thị Duyên Hải, điểm đáng chú ý của Thông tư số 91/2026/TT-BTC không nằm ở việc phát sinh thêm sắc thuế hay thay đổi thuế suất thuế giá trị gia tăng, mà ở yêu cầu ngày càng cao đối với công tác quản trị dữ liệu hóa đơn của doanh nghiệp. Khi hóa đơn điện tử trở thành nguồn dữ liệu quan trọng phục vụ quản lý thuế, doanh nghiệp cần hạn chế tối đa sai sót và xây dựng quy trình xử lý ngay khi phát sinh.

Từ góc độ kế toán, doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ quy trình lập, kiểm tra và phê duyệt hóa đơn; đồng thời kiểm tra khả năng đáp ứng của phần mềm hóa đơn điện tử theo quy định mới. Đặc biệt, với những doanh nghiệp có nhiều chi nhánh, cửa hàng hoặc phát sinh số lượng lớn hóa đơn, việc kiểm soát dữ liệu tập trung và đối chiếu thường xuyên càng cần được chú trọng.

Doanh nghiệp cũng cần phân quyền rõ ràng giữa người lập, người kiểm tra và người phê duyệt hóa đơn; đồng thời xây dựng quy trình riêng đối với hóa đơn điều chỉnh, thay thế. Bộ phận kế toán cần thường xuyên đối chiếu dữ liệu hóa đơn với sổ kế toán, kê khai thuế giá trị gia tăng, doanh thu và chứng từ thanh toán để kịp thời phát hiện những bất thường.

Bà Lê Thị Duyên Hải cho biết, trong ngắn hạn, quá trình chuyển đổi chắc chắn sẽ đòi hỏi doanh nghiệp đầu tư thêm nguồn lực để cập nhật phần mềm, đào tạo nhân sự và rà soát quy trình nội bộ. Tuy nhiên, về lâu dài, việc quản trị hóa đơn trên nền tảng dữ liệu sẽ giúp giảm chi phí xử lý thủ công, hạn chế sai sót và tăng khả năng tự động hóa. Việc cơ quan thuế tiếp tục triển khai các chương trình khuyến khích người mua lấy hóa đơn, trong đó có chương trình “Hóa đơn may mắn”, sẽ góp phần hình thành thói quen lấy hóa đơn trong tiêu dùng, qua đó tăng tính minh bạch trong hoạt động mua bán hàng hóa, dịch vụ...

“Tác động lớn nhất của Thông tư số 91/2026/TT-BTC đối với doanh nghiệp là yêu cầu doanh nghiệp chuyển mạnh sang phương thức quản trị dựa trên dữ liệu và tuân thủ quy trình. Hóa đơn không còn đơn thuần là chứng từ ghi nhận doanh thu và thuế giá trị gia tăng, mà đang trở thành một mắt xích quan trọng trong hệ thống dữ liệu tài chính của doanh nghiệp.

Do đó, doanh nghiệp cần chủ động rà soát và chuẩn hóa quy trình ngay từ đầu, thay vì chờ đến khi có thanh tra, kiểm tra thuế mới xử lý. Việc thực hiện tốt các yêu cầu này giúp doanh nghiệp tuân thủ Thông tư số 91/2026/TT-BTC, góp phần nâng cao chất lượng quản trị tài chính, hạn chế tranh chấp về hóa đơn, giảm rủi ro trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế”, bà Lê Thị Duyên Hải nhấn mạnh.