Mặc dù được xác định là ngành kinh tế chủ lực của thành phố Cần Thơ, nhưng cũng như nhiều địa phương trong khu vực, sản xuất nông nghiệp nơi đây đang đối mặt với nhiều thách thức, đặc biệt là hàng rào kỹ thuật đối với nông sản nhập khẩu và yêu cầu ngày càng khắt khe về tiêu chuẩn nông nghiệp hữu cơ.